史可法动身后，派遣使者寻找已故帝、后的灵柩以及太子、二王的下落，并奉命前往祭告凤、泗二陵。
南明朝廷此时面临着来自清朝和李自成势力的双重压力。史可法及其支持者采取的主要策略是“联虏平寇”，希望通过与清朝合作，先消灭李自成的流寇势力，然后再考虑如何应对清朝。然而，南明朝廷内部却陷入了党争和内讧，东林党人与马士英、阮大铖之间的矛盾日益加剧，姜曰广、高弘图、刘宗周等人相继辞职，显示出南明朝廷无法团结一致对抗外敌。
崇祯十七年（1644年）七月二十八日，多尔衮致书史可法，宣称要“联闯平南”。史可法在回复多尔衮的信件中主要为弘光朝廷的合法性进行辩护，但并未提出有效的对策来对付清军。到了九月，清河道总督杨方兴建议多尔衮不惜一切代价夺取江南地区。与此同时，清朝对南明的态度也发生了变化，多尔衮致书史可法，宣称清朝才是正统，要求南明君臣无条件投降。
史可法离京后，马士英和刘孔昭等人更加肆无忌惮。刘孔昭因为张慎言推举吴甡一事而在朝堂上大吵大闹，并持刀追赶张慎言。史可法得知此事后上疏劝解，最终阻止了福王任命吴甡。史可法完成祭拜二陵后，上书表达了对朱由崧的期望，希望他能够善始善终，时刻不忘先帝和国家的危难。朱由崧给予了史可法口头嘉奖。
史可法失势后自请督师江北，前往扬州统筹刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等江北四镇军务机宜。当时，黄得功、刘泽清、高杰都想驻军扬州。高杰率先率军抵达扬州边境，并沿途烧杀抢掠，使得城中居民惶恐不安，纷纷登城守备。高杰对扬州进行了两个月的围攻。刘泽清也在淮河流域大肆掠夺。临淮不接纳刘良佐的军队，结果也遭到了攻击。朱由崧命令史可法前往调解，黄得功、刘良佐、刘泽清都听从了命令。当史可法到达高杰那里时，高杰一向惧怕史可法，得知史可法要来，他连夜挖掘土坑掩埋地面上的尸体。第二天早上，高杰在军营中拜见史可法，面色和言语都显得十分紧张，汗流浃背。史可法真诚地接待了他，并用温和的语气与他的副将交谈，这让高杰感到意外。此后，高杰虽对史可法表示尊重，但也开始轻视他，并利用自己的兵力优势保护自己，对于文牒也必定亲自过目才肯