兵变。孔有德率领军队返回山东，意图攻打登州。起初，孔有德希望能够得到明朝政府的安抚，孙元化作为登莱巡抚，主张采取安抚政策，命令耿仲明前往城外的教场进行安抚工作。
按照计划，孙元化希望将城外教场居住的辽兵家眷迁入城内，以便腾出空间供步兵使用。然而，登州的士绅阶层对辽人持有歧视态度，拒绝让辽人及其家属进城。这种歧视性行为引发了辽兵的不满，据传士绅甚至对城内的辽兵进行了搜剿和杀害。在这种背景下，耿仲明利用了辽东同乡的情感纽带，充当了孔有德的内应，于翌年的正月初三献出了登州城。孔有德占据登州后，自立为元帅，并任命耿仲明为总兵官。同时，耿仲明还杀害了驻守登州的总兵黄龙的家眷。
随后，孔有德继续率军攻打莱州，留下耿仲明镇守登州。耿仲明在此期间多次击退了前来进攻的官军。天津的裨将孙应龙声称与耿仲明有着深厚的友谊，甚至可以劝说耿仲明捉拿孔有德归降。天津巡抚郑宗周听信了孙应龙的话，于崇祯五年（1632年）四月派遣孙应龙率领两千人从海上前往登州，意图离间耿仲明与孔有德的关系。
耿仲明得知这一消息后，决定将计就计。他制造了一个假象，让人相信他已经杀了孔有德，并将假的首级展示给孙应龙看。当孙应龙进入登州城时，耿仲明率军突然出击，不仅斩杀了孙应龙，还将他的部众全部消灭，并缴获了明军的大型战船，以此组建了自己的水师。
三、降金封王
随着明朝官军不断加强攻势，孔有德、耿仲明等叛军逐渐陷入困境。到了崇祯六年（1633年）二月，孔有德、耿仲明等人不得不放弃登州城，撤退到海上。明朝的将领黄龙、周文郁等率各路官军紧追不舍，使得耿仲明等人处于极其不利的地位。
耿仲明作为曾经投降后金的逃将，最初并不愿意再次归降后金，而是提出了修复南关、重建金州的建议，以此来赎回自己的过错。然而，由于与黄龙之间的仇恨，耿仲明意识到除了投奔后金之外别无他途。同年四月，孔有德、耿仲明等人最终决定渡海来到辽东，归降了后金。后金大汗皇太极亲自率诸贝勒出盛京十里迎接他们，并给予了他们女真人最为隆重的“抱见礼”，显示了对他们极大的尊重和欢迎。皇太极不仅授予耿