仲明总兵官的职务，还将他们带来的军队命名为“天佑兵”。
投降后金之后，耿仲明与孔有德之间出现了矛盾。耿仲明侵夺了孔有德的部分部众，导致孔有德的部下向孔有德投诉。孔有德因此弹劾耿仲明。面对这种情况，耿仲明主动上书认错，并请求将侵夺的部众归还给孔有德。皇太极对此事高度重视，下诏嘉奖孔有德，并命令耿仲明善待自己的部下，不得重蹈覆辙。当天，皇太极邀请二人入宫并设宴款待。
不久后，皇太极再次派人赐予羊酒，并下达诏书，表达了希望耿仲明和孔有德能够为国家效力的愿望。为了缓解两人之间的紧张关系，皇太极让他们共同驻守辽阳。
崇德元年（1636年）四月，皇太极正式称帝，并改国号为大清。在这个重要的时刻，耿仲明被封为怀顺王，与孔有德、尚可喜一起被称为“三顺王”。在接下来的时间里，耿仲明多次跟随皇太极出兵讨伐明朝以及攻打朝鲜，成为了清朝军队中的重要将领。
崇德七年（1642年）八月，皇太极将汉军（乌真超哈）分为八旗，耿仲明被编入正黄旗。同年九月，耿仲明部下的甲喇额真石明雄弹劾耿仲明，指控他私自藏匿了松山、杏山的人口，并且为一些被依法处决的逃人收尸设祭，此外，他的部下还出现了滥杀无辜的情况。这些指控被查证属实后，耿仲明被处以罚款一千两白银的处罚。
到了崇德八年（1643年）十一月，甲喇额真宋国辅、潘孝和石明雄等人密谋杀害耿仲明。耿仲明事先得知了这一阴谋，立即上报给了皇太极。皇太极调查核实后，下令将宋国辅等人斩首，并查抄他们的家产赏给了耿仲明，以此来表彰耿仲明的忠诚和警惕。
四、征战南方
顺治初年，清朝的军事扩张势如破竹，其中，耿仲明作为一位重要的军事将领，在南方战场上留下了深刻的印记。顺治元年，他紧随睿亲王多尔衮的脚步，踏入中原，一路追击农民军领袖李自成，直至望都方止。随后，他又转战陕西，协助豫亲王多铎彻底清扫李自成残余势力，之后转战南方，投身于平定江南的战役中，以赫赫战功赢得了朝廷的嘉奖，并受命镇守辽阳，稳固边疆。
顺治三年，孔有德被任命为平南大将军，肩负起征讨南明永历政权的重任。耿