仲明和尚可喜积极响应，率部南下，成为孔有德麾下不可或缺的力量。顺治四年，耿仲明在牛皮滩与明将杨国栋展开激战，凭借卓越的指挥才能和将士们的英勇奋战，他成功击溃敌军，并乘胜追击，相继攻占了衡州、祁阳、武冈等地，生擒明将郭肇基，极大地震慑了南明政权。
然而，耿仲明在进攻广西的途中遭遇了挫折。在全州，他遭遇了南明将领何腾蛟、瞿式耜等人的顽强抵抗，战事陷入胶着，耿仲明不得不退守永州，暂时调整战略。顺治五年，局势出现转机，全州守将唐文曜、王有成归降，清军借此机会再次发动攻势，但桂林之战中，他们再次遭遇南明军的有力反击，未能如愿。最终，根据清廷的命令，孔有德、耿仲明和尚可喜三人率领的南征大军撤回京城，结束了这段波澜壮阔的南征历程。
顺治六年，耿仲明因功被改封为靖南王，并获赐象征尊贵与权力的金册金印，其军事生涯达到了一个新的高峰。
五、自缢身死
自归降清朝以来，耿仲明与孔有德一直是并肩作战的伙伴，两人从未单独出征。然而，在顺治六年（1649年），耿仲明与孔有德的军事行动出现了分离。孔有德南下攻打广西，而耿仲明则与尚可喜一同征讨广东。此时，耿仲明率领原有兵马二千五百人，加上新增兵力七千五百人，合计一万人，并以徐得功为左翼总兵、连得成为右翼总兵，准备展开新的战役。
正当耿仲明准备整军出发之际，刑部向朝廷报告称，耿仲明的部将梅勒章京陈绍宗等人纵容部下私自藏匿逃人，这一行为触犯了清朝严格的逃人法，按律应当处以极刑。逃人法是清朝初年为了加强对满洲贵族和八旗军民的控制而制定的一项重要法律，私藏逃人被视为严重的犯罪行为。
摄政王多尔衮随即指示耿仲明调查私自藏匿逃人的随征将士。经过调查，耿仲明查出了三百多人涉嫌违法。随后，耿仲明上书朝廷请罪。大臣们在讨论后认为，耿仲明应该被削去爵位作为处罚。然而，多尔衮决定宽大处理此事，仅对陈绍宗等人进行了处罚，免除了他们的死罪。
然而，在顺治六年（1649年）十一月，尚未得知朝廷宽大处理消息的耿仲明，在前往广东征讨的路上，行至江西吉安时自缢身亡。关于耿仲明的死因，还有一