显着的胜利。这一年，他成功收复了庆阳，并斩杀了叛将袁本秀。1679年（康熙十八年），大将军图海计划夺取汉中，并与总兵费雅达沿栈道进军。王进宝请求让长子王用予随军作战，康熙帝随即任命王用予为副将。当军队行进至宝鸡时，王用予在红花铺指挥了一场大胜，攻克了凤县和两当等地。
同年十月，王进宝夜间发起攻击，一举攻破武关，俘虏了叛将罗朝兴等人。随后，他又继续推进，夺取了鸡头关，直逼汉中。到了十一月，王屏藩被迫逃往广元，叛将杨永祚、孙启耀投降，汉中得以收复。
1680年（康熙十九年），王进宝继续推进，进军神宣驿，夺取了朝天关（位于今四川朝天区），并攻破了广元。王屏藩再次逃亡，这次逃往保宁（今四川阆中）。不久，王进宝率军进攻保宁，大败王屏藩，追击至锦屏山。在攻城过程中，王进宝表现出非凡的勇气，他指着自己对城中的叛军说：“为什么不射我？”这种大无畏的精神让叛军愕然。攻破保宁后，王进宝命令军队不得惊扰百姓，因此获得了“仁义将军”的美誉。王屏藩与陈君极最终自缢而死，吴之茂、张起龙、郭天春等十七人也被处决。昭化（今四川广元）、剑州（今四川剑阁）、苍溪、蓬州（今四川蓬安）、广安、合州（今重庆合川）、西充、岳池等地全部被平定。
此时，赵良栋已经夺取了成都，并准备进军云南。清廷决定让王进宝留守四川，并擢升王用予为松潘总兵。1680年四月，王进宝因病上表请求辞职。清廷允许他返回固原休养，并命令王用予率领军队驻守保宁。不久之后，赵良栋调动四川、陕西的军队参与征讨，但王进宝认为这些军队应当留在后方以维护稳定，于是上表请求停止调兵，得到了朝廷的同意。
1680年九月，叛将胡国柱、夏国相入侵四川，降将谭弘再次反叛，导致建昌失陷。赵良栋上表弹劾王进宝，指责他未能有效地防守建昌。王进宝回应称自己正在养病，建昌失陷的责任应归咎于赵良栋。清廷最终命令王进宝返回保宁，总领诸军，并加封他为三等精奇尼哈番（汉文为子爵）。
1682年（康熙二十一年），随着三藩之乱的平定，王进宝入朝觐见。此时，赵良栋也在京城。康熙帝将二人相互弹劾的奏章发还，并表示：“朕考虑