算将佟机处死。索尼为佟机辩护，这使得多尔衮更加忌恨索尼。索尼还向多尔衮报告英亲王阿济格蔑视君上，视顺治帝为幼儿，希望多尔衮能够处理此事，但多尔衮并未采取行动。
在一次讨论分封诸王的问题时，索尼坚决反对，这引起了多尔衮的不满。巩阿岱和锡翰则向多尔衮进言说索尼不愿意让多尔衮执掌朝政，请求多尔衮惩处索尼，但多尔衮并未同意。索尼揭发固山额真谭泰私藏谕旨，导致谭泰被削去公爵。作为报复，谭泰控告索尼将内库的漆琴私赠他人，索尼因此被削去了爵位。
顺治三年（1646年），章京图赖弹劾谭泰心怀不满，指控中牵涉到了索尼。清军分道进剿西安的农民军时，谭泰迟疑不决，未能立功。豫亲王多铎进攻江南时，谭泰和图赖都不愿前往。图赖将此事告知索尼，希望索尼能上报睿亲王多尔衮。然而，送信人担心谭泰会因此获罪，擅自将书信丢弃。图赖再次提起此事，并逮捕了送信人塞尔特，强迫他撒谎说书信已交给索尼。索尼因此被判有罪，面临死刑，但在多尔衮亲自审讯索尼后，事情的真相被揭露，索尼不久便恢复了世职，但多尔衮和谭泰等人仍旧对其怀恨在心。
顺治五年（1648年），正值清明节前夕，多尔衮派遣索尼前往盛京拜祭昭陵。就在索尼即将出发之际，贝子屯齐诬告索尼与图赖等人密谋拥立肃亲王豪格为帝。按照当时的法律，索尼应被处死，但朝廷最终从轻发落，索尼被剥夺官职，家中财产被没收，并被流放到昭陵。
四、起复任职
顺治八年（1651年），顺治帝亲政后特召索尼回朝，恢复了他先前的世职，并逐步晋升他为世袭一等伯。索尼还被提拔为内大臣，兼任议政大臣、总管内务府等要职，成为顺治朝首席满洲大臣。在任期间，索尼推行了一系列重要的改革措施，对缓和社会矛盾、推动经济发展起到了积极作用。
索尼注重法度严明，力求做到赏罚分明。他提出了一项重要建议：除了开国元勋可以享有世袭官职外，今后除非有特殊战功，不应轻易授予世袭待遇。这一提议旨在减少特权阶层的膨胀，确保官职授予更加公平合理。
此外，索尼还主张打击奸商，抑制豪强，以此来保护普通百姓的利益。他深知社会矛盾的根源在于贫富差