而具有免疫力的玄烨作为继承人。顺治帝在遗诏中册立玄烨为皇太子，并指派索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四位大臣作为辅政大臣，协助年幼的玄烨处理政务。
正月丙辰日（2月4日），玄烨在太和殿即位，时年未满七岁（按照中国传统计算方式，虚岁八岁），宣布改元为康熙元年，并颁布大赦令。玄烨的生母孝康章皇后佟佳氏在两年后病重，玄烨侍奉母亲极为尽心，日夜不离，亲自尝药照料。然而，孝康章皇后仍然在十岁时去世，这对玄烨来说是一个巨大的打击，他悲痛欲绝，连续数日不吃不喝，守灵哀哭。
辅政大臣之间很快就出现了矛盾和斗争，其中鳌拜逐渐掌握了实权。鳌拜原本位居辅政大臣之末，但不甘居于人后，开始越权行事。他与苏克萨哈的关系尤为紧张，最终在康熙六年（1667年）六月索尼病逝后，鳌拜更加嚣张跋扈，仅仅过了一个月，十四岁的康熙帝便宣布亲政，但鳌拜随即擅自杀害了苏克萨哈，并进一步提升了自己的权力。
面对鳌拜的专权，康熙帝并未坐视不理。他开始秘密培养自己的势力，经常召集少年侍卫在宫中练习摔跤游戏“布库”，实际上是在训练这些少年侍卫成为自己的亲信。康熙八年（1669年）五月十六日，康熙帝利用这些侍卫在鳌拜觐见时将其逮捕，并立即展开调查。鳌拜的罪行多达三十条，大臣们请求将其处死并诛灭其家族，但康熙帝考虑到鳌拜曾经的功绩，最终决定将其囚禁，而鳌拜的亲属和支持者则被严厉惩处。不久之后，鳌拜死于狱中。
鳌拜倒台后，康熙帝迅速清理了鳌拜的余党，并对鳌拜执政时期的错误进行了纠正。他为被鳌拜矫旨处死的苏克萨哈等人平反昭雪，并鼓励官员上书言事，提出了许多改革措施来改善国家治理。康熙帝还废止了一些弊政，比如禁止继续圈地，以减少民众的负担。通过这一系列行动，康熙帝不仅成功地夺回了朝廷大权，也为自己树立了良好的威望，开启了真正亲政的新阶段。
三、削平三藩
康熙十二年（1673年），平南王尚可喜请求退休返回辽东，并希望其子尚之信继续镇守广东，这一请求引发了关于是否应该撤藩的激烈讨论。康熙帝最终决定撤藩，认为藩镇长期掌握重兵，已经形成了“尾大不掉”的局面，对国