威胁到了清朝的统治基础。
在三藩之乱初期，索额图对于撤藩的政策持有一定的保留态度。他认为，叛乱是因为撤藩过于仓促所引发的，甚至提出要将提议撤藩的人处死，以此来平息叛乱。然而，这一建议并没有得到康熙帝的认可。面对局势的发展，索额图调整了自己的立场，积极协助皇帝制定策略，参与军事筹划，以期尽快平定叛乱。
在平定三藩的过程中，索额图发挥了重要作用。例如，在康熙十八年（1679年），云贵总督周有德请求在进军云南时由一人专任指挥，但索额图认为周有德言过其实，提出了不同的看法。他指出，在陕西时，周有德也曾提出类似的建议，但在多路进兵的情况下，这样的策略可能会导致资源的浪费和兵力的分散。索额图的见解得到了康熙帝的认可，并据此调整了军事部署。
此外，广西抚巡傅弘烈请求亲自率领军队进剿云贵地区，但兵部未予批准。康熙帝要求大臣们商讨进兵方略时，索额图认为既然已经派出了大军，再增派部队可能会加重军力负担，不利于长期作战。这一观点也被康熙帝采纳。
当傅弘烈因进展受阻而请求辞职时，索额图建议仍然应当允许他招募士兵并继续推进。这样做的目的既是为了避免让傅弘烈有借口逃避责任，也是为了确保军事行动的连续性。这些策略最终帮助清廷有效应对了三藩之乱，维护了国家的统一。
索额图在平定三藩之乱中的表现得到了广泛的赞誉。后来，礼亲王昭梿在《啸亭杂录》中写道：“索（额图）相当权时，多谋略，三逆叛时，公料理军书，调度将帅，皆中肯要。”这充分说明了索额图在这一时期的重要作用。
四、国际事务
索额图不仅在国内政治中发挥了重要作用，在对外事务方面也扮演了关键角色。特别是在处理与沙俄的关系上，索额图展现出了卓越的外交才能，为清朝的边疆稳定做出了重要贡献。
康熙二十六年（1687年），索额图被任命为议政大臣，这使得他在处理国家大事上有了更大的发言权。随后几年，清朝面临着来自北方沙俄帝国的压力。沙俄在远东地区扩张势力，侵入了清朝的领土范围，这引起了康熙帝的高度关注。为了和平解决边界争端，康熙帝决定派遣使者前往沙俄进行