同对抗叛军。
在最初的战斗中，姚启圣被委任为诸暨知县，负责协助守备何清剿灭紫琅山一带的土匪。这次行动成功地稳固了后方的安全，为后续的军事行动奠定了基础。由于表现出色，康熙十四年（1675年），康亲王将姚启圣的功绩上报给了康熙皇帝，姚启圣因此被破格提拔为浙江温处道佥事。随后，他又跟随都统拉哈达参与了对松阳、宣平县叛军的平定工作。
随着战争的进展，姚启圣的军事才能逐渐显现出来。康熙十五年（1676年），他与副都统沃申、总兵陈世凯等人共同作战，攻打石塘，成功焚毁了敌军的木城，斩杀了大量叛军，最终收复了云和县。同年十月，姚启圣父子跟随康亲王的军队继续追击耿精忠，攻入仙霞关，逼近福建。在强大的军事压力下，耿精忠最终选择投降。姚启圣因此被提拔为福建布政使。
此时，郑成功之子郑锦仍然控制着漳州、泉州和兴化等地。清军随即向这些地区发起进攻。在此过程中，吴三桂麾下的将军韩大任表现得非常英勇，被誉为“小淮阴侯”。他企图从江西进入福建与郑锦会合。然而，在姚启圣的劝说下，韩大任选择了投降，其部下三千人被编入清军。
在接下来的几年里，姚启圣继续参与了一系列的军事行动。康熙十六年（1677年），他随康亲王攻克邵武和兴化，完全收复了漳州和泉州两地，迫使郑锦撤退到厦门。一年后，即康熙十七年（1678年）五月，总督郎廷佐向康熙皇帝报告了姚启圣及其子姚仪在战场上的出色表现，包括他们自己出资养军、购买马匹和装备武器等事宜。对于他们的贡献，康熙皇帝给予了高度赞扬，并晋升姚启圣为福建总督。
三、收复台湾
康熙十六年（1677年），郑锦侵犯了海澄、长泰、同安、惠安和平和等县。面对这一局势，姚启圣上奏了着名的“十疏”，提出了详细的军事部署和后勤保障方案。这些建议涵盖了调兵遣将、粮饷供应、军事防御、兵力补充等多个方面。例如，他请求调动福宁镇的军队与八旗兵及浙江提标兵联合攻打泉州，同时调集衢州、赣州、潮州三路的兵力对付漳州的叛军。他还自愿捐赠粮食和增加招募督标兵五千人，并推荐了二十名浙江的贤能官员赴闽指挥。此外，他还提议增设漳浦、同安两