镇的总兵官职位，并强调严格管理军队，禁止官员虚报兵额等。这些建议大部分被采纳实施，为后续的军事行动提供了有力的支持。
在接下来的一年中，姚启圣与海澄公黄芳度一同从永福进军，成功收复了平和、漳平两县。郑锦的大将刘国轩则在蜈蚣岭附近设立营地，威胁泉州。姚启圣率领壮士出战，与将军赉塔、都统沃申等人的军队形成夹击之势，连续攻破郑锦的营寨，斩杀了多名高级将领，迫使刘国轩撤退到海澄。姚启圣乘胜追击，收复了长泰县，因此功勋卓着被晋升为正一品。
康熙十八年（1679年），郑锦的军队再次集结，准备攻击长泰。姚启圣与赉塔、杨捷以及巡抚吴兴祚联手出击，大败郑锦的军队，招降了大批官兵。在接下来的一年中，双方在江东桥、榴山寨等地展开激战，姚启圣与将士们英勇作战，再次取得胜利。
到了康熙十九年（1680年），姚启圣与赉塔、杨捷、石调声等将领合力攻复了海澄县。与此同时，提督万正色攻克了海坛岛。姚启圣派遣军队渡海，成功收复了金门和厦门，并招降了伪将军朱天贵、杨彪等人。这些胜利为他赢得了兵部尚书、太子太保的荣誉。
在康熙二十一年（1682年），姚启圣因收复海澄、金门、厦门的功勋，被授予世袭骑都尉的爵位，并加封一云骑尉。此时，郑锦已经去世，其子郑克塽继承了延平王的称号。郑克塽表示愿意向清朝称臣并进贡，但希望保留自己的发型传统。对此，姚启圣上奏康熙帝，请求拒绝郑克塽的要求，并推荐水师提督施琅领军攻取台湾。
康熙二十二年（1683年）六月，施琅率领水师攻取了澎湖。八月，姚启圣前往澎湖监督粮饷供给，确保前线军队的补给充足。最终，施琅攻克台湾，郑克塽、刘国轩等人投降。姚启圣回到福州，完成了收复台湾的历史使命。
四、弹劾风波
康熙二十年（1681年），左都御史徐元文向朝廷上疏弹劾福建总督姚启圣，指责其行为不当、贪污腐败、滥用职权等问题。这一事件揭示了当时清朝政治体系内部的复杂斗争以及地方官员之间的矛盾。
徐元文列举了姚启圣的多项问题，包括滥用公款、贪污军饷、侵占民利、私生活奢靡、阻碍军事行动以及恶意中伤其