以其年轻却丰富的军事经验和出色的指挥能力，很快成为了一名得力的将领。然而，在1651年（顺治八年），施琅与郑成功在战略上的分歧开始显现。施琅反对郑成功采取“舍水就陆，以剽掠筹集军饷”的策略，他认为这样的做法不仅不利于长期战争，还会损害军队的声誉和士气。
郑成功对施琅的反对意见非常不满，剥夺了他的兵权，并命令他返回厦门。此时，清军将领马得功正率军偷袭厦门。面对突如其来的攻击，厦门的守军主将郑芝莞惊慌失措，选择弃城而逃。在这危急时刻，施琅挺身而出，仅率领身边的六十余人迎战清军。施琅表现出了非凡的勇气和战斗技巧，不仅杀死了清军主将马得功的弟弟，还几乎活捉了马得功本人，迫使清军仓皇撤退。
三、再度投清
1651年（顺治八年），施琅在清军攻打厦门时展现出了卓越的军事才能。尽管当时郑成功回到了厦门并对他进行了奖励，但并没有恢复他的兵权。施琅曾试图提醒郑成功关于后方兵力薄弱的问题，但郑成功并未采纳他的建议，反而解除了他的兵权。施琅对此深感不满，他认为自己提出的建议已被后来的事实证明是正确的，而在厦门的战斗中他也表现出了极大的勇气和忠诚。
在郑成功返回厦门后，施琅没有能够官复原职，这让他十分失望。为了试探郑成功的态度，施琅甚至表示想要出家当和尚，以此来表达自己的不满情绪。然而，郑成功并未改变主意，反而让施琅另行招募士兵组建新的前锋镇。施琅见状，一气之下剃光了头发，拒绝再参与郑成功的军事活动。
1652年（顺治九年），曾德事件进一步加剧了施琅与郑成功之间的矛盾。曾德曾在郑成功军中服役，受到施琅的指挥。在施琅被解除兵权后，曾德寻求更好的出路，转而投靠了郑成功，成为了他的亲随。施琅得知此事后非常愤怒，认为这是背叛行为，于是派人将曾德捉拿并处决。郑成功闻讯后下令不要杀害曾德，但施琅并没有听从命令，坚持将曾德处死。
郑成功认为施琅此举是公然反抗，于是密令援剿右镇黄山以商量出军机宜为名逮捕施琅之弟施显，并派遣右先锋黄廷带领士兵包围施琅的住所，将施琅及其父亲施大宣一同拘捕。不过，施琅在一些亲信和当地居民的帮助下成功逃