郑家祖坟的行为，郑经下令将黄梧和黄芳度的尸体车裂，并将黄芳度留在漳州的族人全部处决。
到了康熙十五年（1676年），广东的尚之信再次遭到郑军的击败，并被迫加入三藩反清阵营，将惠州割让给了郑经。此时，郑经已经控制了漳州、泉州、潮州和惠州四个首府，但周围都是盟友的地盘，没有更多清军领土可供夺取，这使得他很容易与盟友发生领土争端。五月，耿精忠计划与吴三桂联手进攻江南，要求汀州总兵刘应麟出兵相助。刘应麟不愿派兵，反而暗中联系郑经，导致汀州被郑军攻占。这一事件导致了郑、耿之间的同盟再次破裂。耿精忠发现自己处于郑军和清军的夹击之下，最终选择向清朝投降。
失去了耿精忠的支持后，郑经不得不直接面对清军主力的威胁。他先派遣三万人进攻福州，但在十月十五日（11月20日）于乌龙江遭遇清军的重创。之后，郑经控制的其他地区也相继失守，他被迫撤退回到厦门。
五、晚年
郑经在经历了一系列军事失败后，转而采取了防守的姿态，试图坚守厦门。为了稳定局势，他派遣将领防守福建、粤东、浙南沿海的岛屿，以期维持自己的势力范围。在等待刘国轩返回厦门的过程中，郑经任命他为大军统帅，准备反攻闽南地区。在此期间，清朝方面提出了和谈的条件。康熙十六年（1677年），清朝的康亲王杰书向郑经许诺，如果郑军愿意撤离大陆沿海岛屿，退守台湾，清朝将承认台湾为藩属，并允许两岸通商贸易，彼此之间不再有嫌隙。
然而，郑经并未立即接受这一提议，而是选择了继续战斗。康熙十七年二月十八（1678年3月10日），郑经派遣刘国轩率军先攻下虎渡桥，切断了漳州与泉州之间的联系。经过大约三个月的围攻，郑军于同年七月二十八日（六月初十）攻陷了海澄。但在接下来的战斗中，郑军在漳州和泉州一带并未取得决定性的胜利，战况陷入僵局。
同年，清朝将领赖塔给郑经写信，再次提出了退守台湾的条件，表示清朝愿意让郑氏永远占据台湾，无需剃发、易衣冠，并可以像箕子之朝鲜、徐福之日本一样保持一定的自治权。然而，同年十二月，清朝恢复了迁界令，从福州到诏安的沿海地区都被设立为要塞，并且筑起了围墙作为边界