舟山借住了两三个月，做足了仁义文章。
九月，据守金、厦一带的永胜伯郑彩将朱以海迎入福建。然而，郑芝龙已经赶赴福州向博洛投降，并派人通知郑彩献出鲁王以向清廷请赏。郑彩不愿投降清朝，决定奉朱以海为主。朱以海的实力迅速增长，大多数浙江和福建的官民都以他为中兴大明的旗帜。再加上满洲军主力已被博洛带回北京，福建清军兵力空虚，这为朱以海在福建立足提供了有利条件。
五、奋战福建
顺治四年（1647年）正月，朱以海在长垣誓师，表达了“王业不偏安”的决心。在他的领导下，朝政军队初步整顿完毕后，随即着手收复失地。短短半年内，福建多个府县相继被收复。朱以海亲自出征，广发檄文号召各地绅民起事，共创大业。“解放区”不断扩大，建宁府以及建阳、崇安、松溪、政和、寿宁、连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地均被收复。同年十月，福宁州也被明军攻克，清朝在福建的统治陷入崩溃的边缘。
原隆武朝大学士朱继祚从北京回到原籍福建兴化，接受了朱以海的重任，在兴化城内号召起义，使得兴化总兵张应元措手不及，带着残兵败卒乘夜逃跑，兴化城落入明军之手。到顺治五年（1648年）上半年，朱以海收复了闽东北三府一州二十七县，省会福州几乎成了一座孤城。为了尽快攻占福州，朱以海亲临福州城外的闽安镇指挥攻城，在他的激励下，福建“义师起，八郡同日发”。
正当明朝复兴形势一片大好之际，南明朝廷的内讧再次发生。郑彩想要架空朱以海，进而取得实际大权。顺治五年（1648年），郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，这让义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，指责郑彩说：“杀忠臣以断股肱，我活着还有什么用？”说罢就要跳河，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。
清朝派精锐满洲军南下福建，配合浙闽总督陈锦辖下的汉军反攻。此时，郑彩的排斥异己使鲁监国军队战斗力大减，在泉州和漳州一带活动的郑成功也以尊奉死去的朱聿键为名，