拒绝接受朱以海的号令。在这种情况下，先前攻取的福建建宁、福安、罗源、宁德、政安和浙江景宁、庆元、云和、松阳等州县又被清军夺去。
顺治六年（1649年）正月，朱以海只好移驻福建和浙江两省交界的沙埕，几个月后，张名振攻取健跳所，将朱以海迎到健跳所居住。这期间郑彩又同郑成功火拼，被郑成功击败，不得已上表求救。朱以海恨郑彩就这样断送了大好的中兴机会，趁机收编了郑彩的余部。
六、立足舟山
顺治六年（1649年）九月，朱以海的谋士张名振建议他收取被黄斌卿割据的舟山群岛，再连结日本、朝鲜等国，逐步恢复失地。此时，朱以海驻扎于健跳所，这是一个位于浙江临海县的濒海小地方，难以作为长期立足之地。朱以海和他的大臣们实际上经常住在船上，以防清军来袭。
为了确保有一个可靠的基地，张名振派兵袭杀黄斌卿，接管了他的军队。朱以海到达舟山后，命令礼葬黄斌卿，并善待其家属，安抚黄斌卿的旧部，给予他们赏赐。通过这种方式，舟山群岛的局势得到了稳定，朱以海历经数年的奋斗，终于有了一个复兴的基地。
在舟山站稳脚跟后，朱以海重新整顿朝纲。他派遣使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂出山担任大学士，并对各级官员进行了合理调配。在战略上，朱以海转变为经略浙江，与宁波府四明山寨的王翊、王江、冯京第等义师遥相呼应，计划在清军势弱时反攻大陆。此外，他还一度派遣使者前往日本寻求援助。
顺治八年（1651年）八月，清朝总督陈锦等率兵进攻舟山。九月初二，舟山城陷落，朱以海在张名振、张煌言的陪同下逃往厦门，依靠郑成功。郑成功原是隆武政权的坚定支持者，对朱以海在大敌当前时还与隆武帝自相残杀的行为表示不满，认为这削弱了抗清的力量。但考虑到朱以海的身份，郑成功还是以礼相待，并安排他居住于金门。
顺治九年（1652年），由于与郑成功之间存在冲突，朱以海自去了监国称号，并由旧臣王忠孝、沈佺期等人照顾。这期间，朱以海一度移居南澳，不久后又回到金门。
顺治十八年（1661年），朱由榔在云南遇害后，张煌言一度上书朱以海，请求他争取闽海勋镇的支持，