但他仍旧承担起了临时性的任务。他与工部尚书苏赫一同前往通州运河进行检查，提出了在沙河建造水闸以蓄水，并在通州下游筑堤以约束水流的建议，这些措施都被采纳并实施。
次年，即康熙二十八年（1689年），靳辅再次被召随康熙帝南巡，沿路视察河务。这次南巡不仅是对靳辅专业能力的认可，也是对他之前工作的肯定。康熙帝在南巡期间亲身体验到了靳辅治河的成效，并在沿途听取了百姓和船夫对靳辅的高度评价，这使得康熙帝对靳辅的态度有了显着的转变。
康熙三十年（1691年）九月，靳辅又被委以重任，与户部侍郎博际、兵部侍郎李光地一同视察黄河险工。出发前，康熙帝特别提到靳辅“于河务最为谙练”，显示出他对靳辅的信任。靳辅在视察后提交了一份详尽的报告，报告中提到了黄河南北两岸无冲损的减水坝以及需要加固的地方，并绘制了相应的图纸供参考。这份报告被提交给九卿会议审议，并得到了一致同意，按照靳辅的建议执行。
康熙二十九年（1690年）三月，当漕运总督董讷提议将南旺河水引入北运河时，康熙帝再次召见靳辅咨询意见。靳辅建议通过在北运河两侧筑埽来约束水流，无需引南旺河水北流。这表明即使是在非正式的职位上，靳辅仍然以其专业知识发挥着重要作用。
到了康熙三十一年（1692年）二月，河道总督王新命因为贪污问题被揭发，康熙帝开始寻找合适的继任者。考虑到河务的重要性，他最终决定重新启用经验丰富的靳辅担任河道总督。尽管靳辅因年老体弱而试图推辞，但康熙帝坚持要求他出任此职，并安排顺天府丞徐廷玺协助他工作。
再次上任后的靳辅，尽管身体状况不佳，仍然全身心投入到了治河工作中。这一年，陕西西安、凤翔地区遭遇灾害，康熙帝下令截留漕粮用于救济。靳辅接受了运输漕粮的任务，并亲自监督运输过程，确保漕粮安全到达灾区。由于表现突出，他受到了康熙帝的赞赏。
然而，靳辅的健康状况日益恶化。即便如此，他依然坚持上疏，提出了关于黄河、淮河及运河后续治理的重要建议，并呼吁恢复已故陈潢及其他因河工受罚官员的名誉。七月二十六日，由于持续高烧，靳辅请求退休并得到了批准。