陆续报告说湖河的决口已经全部闭合，治河工程逐渐取得进展。与此同时，他还对治河工作本身进行了多项改革，例如裁减冗员，加强下属的责任感，实行严格的奖惩制度，将河夫改为兵役，划定区域分守，定期进行考核等。
然而，在治河过程中，虽然不断取得进展，但水患问题依然时有发生，这引发了一些争议。康熙帝曾在一次谈话中询问大学士们：“修治决口，耗费如此多的钱粮，不久又发生决口，此事如何处理？”被问的大学士们没有更好的办法，只能表示靳辅提出的期限尚未到期，应当允许他继续督修。到了康熙二十年（1681年）五月，规定的期限已到，但问题仍未彻底解决，靳辅上疏表示：“臣之前请求大修黄河，限定三年内让河水回归故道。如今期限已满，但河水仍未归位，所有大工程和细节工程尚未完成，请朝廷审议处置。”康熙帝随即下令给予靳辅革职处分，但仍命令他戴罪督修。
同年七月，黄河水位大涨，皂河发生淤淀，无法通航。面对这一情况，许多官员建议恢复使用骆马湖，但靳辅坚决反对，他亲自督工挖掘，最终使黄水下降，清水流出，重新形成了航道。随后，他又清理了张庄运口，确保了航运的畅通。
四、朝中争论
靳辅治河引起的空前大争论发生在康熙二十一年（1682年）。那一年，黄河在宿迁徐家湾决口，堵塞后不久又在萧家渡发生决口，这场争论就此拉开序幕。当时有一位名叫崔维雅的人，曾在河南、浙江等地担任府州县官多年，参与治河工作，并取得了一定成效。他撰写了《河防刍议》和《两河治略》，对靳辅的治河方法持有否定态度。恰逢这一年五月，康熙帝派遣户部尚书伊桑阿等人勘察河工情况。崔维雅以候补布政使的身份上奏了自己的着作，要求废除靳辅建设减水坝的方法，主张顺应水流的自然特性，采取疏导与筑堤并举的策略。康熙帝命令崔维雅随同伊桑阿等人一同前往现场与靳辅进行商议。
一行人遍察各项工程后到达徐州，让崔维雅和靳辅进行面对面的讨论。靳辅认为：“河道全局已成十之八九，虽然萧家渡出现了决口，但海口宽阔，下流已经疏通，关键的隐患已被消除，不应改变现有的计划，破坏已经取得的成功，否则会带来后患无穷。”这一争论在地方上无