法得到解决，伊桑阿等人返回京城。到了十月，在一次廷议会议上，工部尚书萨木哈等人提议要求靳辅赔偿萧家渡决口的修复费用。康熙帝认为，一方面修河需要大量钱粮，靳辅无力承担赔偿责任；另一方面，即使他赔偿，一旦延误漕运，后果依然严重，因此并未采纳这个意见。与会人员一致建议应该听听靳辅本人的意见，请他进京商议，康熙帝同意了这个建议。
康熙二十一年（1682年）十一月二十三日，清廷大学士、学士、九卿、詹事、科、道官员开会，在靳辅本人参加的情况下，讨论了他的治河事宜。会上，康熙帝命令靳辅口头说明自己的意见。靳辅表示：“臣受河工重任，不敢不尽心竭力，以期有朝一日大功告成。萧家渡的工程将在来年正月一定完工。其余河堤，估计需要一百二十万两白银，逐处修筑，可以完成。”康熙帝追问：“你以前所筑的决口，杨家庄报完后又有徐家沟；徐家沟报完后又有萧家渡。河道冲决，你总是无法预料。现在萧家渡筑好后，其他地方你能保证不再决口吗？河工事关重大，关系到民生和运道，应当通盘考虑，确保效果，不可固守一己之见。”
靳辅主动转移话题，指出人为因素有时比自然灾害的影响更大，指出河堤的建设必须根据地势的高低来决定高度，有的地方需要十五丈，有的地方只需要七八丈，不能一概而论。康熙帝当场表示“崔维雅所奏无可行者”。五年后崔维雅去世，议给恤典时，康熙帝仍然认为他是“不端之人”，并说如果当时将治河重任交给他，“不但工不得成，必至事体败坏”。
这次大争论最终以崔维雅的方案被否决而告终。靳辅被宽大处理，免除了赔偿责任，继续按照原计划督修。康熙二十二年（1683年）四月，他上疏报告萧家渡工程合龙，黄河回归故道。同时，他提出大水直下，导致清口附近的七里沟等四十多处出现险情，天妃坝、王公堤及运河闸座都需要修筑。他还另外上疏请求让河南巡抚修筑开封、归德两府境内的河堤，以防上流壅塞。康熙帝看到靳辅治河的情况，“成与不成在此一举”，因此凡是靳辅请求的钱粮都迅速拨付。
到了七月，当康熙再次向户部尚书伊桑阿、学士胡简敬等人询问河道情况时，他们都报告说黄河已经回归故道，船只往来无阻。康熙帝高兴地