这项工程始于康熙二十五年（1686年），并于康熙二十七年（1688年）完工。
六、争论迭起
此时，靳辅仍然主张修建更多的减水闸，而康熙帝则认为减水闸虽然有利于河工，但对百姓并无益处，他命令靳辅对此进行详加考虑。康熙二十四年（1685年）秋季，靳辅考虑到河南位于上游，如有不慎，可能会导致下游的江苏地区发生淤淀，于是他开始筑建考城、仪封堤，以及封丘荆隆口的大月堤和荥泽埽工等。此外，还在睢宁南岸的龙虎山开凿了四个减水闸。不久之后，一场新的治河之争拉开了序幕。这场争论的起因与康熙帝有关。他注意到高邮、宝应等州县的湖水泛滥，导致大量民田被淹，因此提出要把这些地方减水坝泄出的水引到海里。这实际上是由于靳辅在治河方面取得了一定的成就，使得包括康熙帝在内的某些人提出了更进一步的要求。康熙帝任命安徽按察使于成龙负责此事，但仍需接受靳辅的领导。
在修治海口及下河问题上，于成龙与靳辅产生了分歧。于成龙主张疏浚海口以排泄积水，而靳辅则认为下河海口高出内地五尺，如果疏浚海口会引来潮水内浸，反而会带来更大的危害。他建议从高邮东车逻镇开始筑堤，经过兴化的白驹场，将所泄的水引导入海。堤内涸出的土地，丈量后归还给人民，剩余的土地则招募民众进行屯垦，收取佃价作为河工的费用。这一建议传到康熙帝那里后，康熙帝担心收取佃价会给人民增加负担，因此并未立即批准。
康熙二十四年（1685年）十月，靳辅接连上奏三份奏疏，分别是挑浚高、宝等七州县的下河使其入海，帮筑高家堰的堤岸，以及修理黄河两岸的堤防。靳辅在这几份奏疏中所持的观点与康熙帝和其他人有所不同。鉴于此事关系重大，加之正值寒冬季节，河工相对空闲，康熙帝决定召见靳辅和于成龙，让他们迅速进京，与九卿共同详细讨论此事。这次讨论持续了很长时间，首次讨论从十一月二十日至二十二日，连续进行了三天。第一天，内阁大学士明珠向康熙帝汇报了河工事宜，重点介绍了靳辅主张开凿大河，修建长堤，堤高一丈五尺，束水宽度一丈，以抵御海潮。于成龙则提出开浚原有的河道。两人意见相左，各执己见。这个问题提交到与会的九卿讨论时，大多数人都认为于成