龙虽然是一名着名的清官，但在河工方面缺乏经验，而靳辅长期负责河务，已有一定的成效，因此倾向于采纳靳辅的意见。然而，通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱珏等人支持于成龙，认为他的意见更有道理。经过反复争论，清廷最终决定开浚下海，并任命礼部侍郎孙在丰负责此事。
这场争论对靳辅极为不利，不仅否定了他的意见，而且还使康熙帝对他的信任产生了动摇，这也引发了更多的人对靳辅展开了猛烈的攻击。例如，在关于开海口的争论尚未结束之时，工部就提出靳辅治河九年未获成功，浪费了大量的钱粮，应该交由部里严厉处理。康熙帝表示：“河工重大，因一时不能成功，即行处分，另差人修理，恐反致贻误。且俟一、二年后，看其如何？”由于得到皇帝的谅解，靳辅免遭革职处分，仍然保留原职。然而，康熙帝已经开始认为靳辅言辞浮夸，所说的不能完全兑现，于是开始寻求其他的解决方案。
一波未平，一波又起。康熙二十五年（1686年）年底，关于堵塞减水坝的争论再次掀起。尽管靳辅试图通过提出一些较小的问题来表明自己无意与孙在丰对立，但清廷仍然决定暂时堵塞高邮州、高家堰等处的闸门，并计划在次年堵塞黄河以南的各个堤坝。这使得靳辅越来越处于被动的局面。
七、跌宕岁月
康熙二十七年（1688年），对于靳辅来说是一段跌宕起伏、充满挑战的日子。这年正月，江南道御史郭琇上疏弹劾靳辅，指责他在治理河流的过程中，听命于陈潢，今天提议筑堤，明天又提议疏浚，浪费了数百万两白银，而且没有明确的终结期限。郭琇还批评靳辅将朝廷的职位作为个人恩惠，频繁更换河工官员，从未达到用人得当的效果。此外，郭琇还指责靳辅侵占民田，以屯垦为名，实际上却将收获的粮食跨省贩卖，并且违背皇帝旨意，阻碍开浚下河的工作。
紧接着，二月份，给事中刘楷上疏进一步批评靳辅用人不当，指出河工中的道厅官员中杂职人员众多，而治河成效甚微，每年只听到河水冲决的消息。御史陆祖修更是激烈地弹劾靳辅，使用了“积恶已盈”的措辞，并引用了舜殛禹的故事，暗指应当处死靳辅。
面对这一系列指控，靳辅感到非常委屈，他上疏为自己辩护。他列举