了自己的成就，并逐一反驳了攻击他的人，如郭琇、于成龙、慕天颜、孙在丰等，揭露他们企图陷害他。靳辅特别指出，那些攻击他的人大多是在下河流域拥有土地的豪强地主，他们在自己的利益受到侵害时才会如此激烈地反对他。
康熙帝意识到这些针对靳辅的弹劾并不客观，因此决定给予靳辅一个申辩的机会。三月八日，康熙帝召集了大学士、学士、九卿、詹事、科、道，以及总督董讷、巡抚于成龙、原任尚书佛伦、熊一潇、原给事中达奇纳、赵吉士等人，让靳辅以河道总督的身份参加讨论。在讨论中，出现了两派观点：一方以董讷为代表继续攻击靳辅及其副手陈潢；另一方以佛伦为代表，虽然在为自己开脱的同时，还是支持靳辅。讨论过程中，靳辅与于成龙之间的矛盾尤为突出，康熙帝发现于成龙在河务方面确实缺乏足够的知识。最终，康熙帝决定革除靳辅的河道总督职务，并任命福建总督王新命接替他的位置，陈潢也被解除了佥事道的职务。
靳辅被革职后不久，就有臣下向康熙帝报告了两件事情：一是漕运出现阻滞的情况，有人建议派遣靳辅去解决；另一件是中河已经开通，这是对靳辅工作的肯定。这两件事情让康熙帝感到为难，他意识到靳辅在治河方面的贡献，并担心新任河道总督王新命可能会推翻靳辅的所有工作，导致前功尽弃。为此，康熙帝派大臣进行调查，并指示他们保留靳辅所制定的规章制度，不要轻易更改。
康熙二十八年（1689年）正月，靳辅被召扈从康熙帝南巡，沿途视察河务。在查看中河时，康熙帝询问靳辅当初是如何规划开浚中河的。靳辅解释说，这是根据康熙帝之前的巡视指示而提出的方案，开浚后不仅可以解决水淹民田的问题，还可以保障漕船的安全通行。康熙帝听后，指示王新命继续完成中河的善后事宜，并强调要加强遥堤和减水坝的建设。
三月，康熙帝基于南巡期间江淮百姓和船夫对靳辅的高度赞扬，以及亲眼见到靳辅治理的河道和加固的上河堤坝所取得的实际成效，认为之前对靳辅的革职处分过重。于是，他下令恢复靳辅先前的衔级，这是对靳辅名誉的一种恢复，但并不是恢复他的官职。
八、晚年
康熙二十七年（1688年）十一月，虽然靳辅已经被革职，