扬，称赞他是“今时清官第一”，并赐予他白银、御马以及一首亲自撰写的诗歌，以表彰他的清廉与才能。同年，于成龙又被升任为江南江西总督（即两江总督），成为当时朝廷的重要封疆大吏。此时，他已经是一位六十五岁的老人，但依然保持着高昂的工作热情和清廉的品格。
在担任两江总督期间，于成龙面临了来自权贵阶层的压力。这些权贵担心于成龙会对他们不利，于是开始编造流言对其进行诬陷。其中，与于成龙矛盾最为尖锐的是当时权势显赫的大学士明珠。在这种背景下，康熙二十二年（1683年）十月，当时在江南督造漕船的副都御史马世济回到北京后，上疏参劾于成龙年老体衰，被属下中军副将田万侯欺骗、蒙蔽。
马世济的奏疏引起了朝野的广泛关注，康熙帝下令各部院大臣对此事进行认真讨论。最终，康熙帝要求于成龙针对这些指控进行详细的回复。于成龙随即提交了一份详细的回奏，解释了相关情况，并表示愿意承担责任。
朝臣们再次认真审议了于成龙的回奏，并分别由兵部和吏部提出了处理意见。兵部认为，既然于成龙承认田万侯倚势作弊，那么应该革除田万侯的副将之职。而吏部则认为，既然于成龙自称年老体弱，应该准许他退休。处理意见被呈送到康熙帝手中。
康熙帝在仔细考虑后，做出了最终决定：于成龙将继续留任，而田万侯则被降级处理。
八、溘然长逝
康熙二十三年，一代廉吏于成龙在两江总督的任上，以六十八岁高龄溘然长逝，其清廉形象与卓越政绩，在后世传为佳话。病重之际，他简朴的生活状况令人动容，室内除几件简陋衣物与粗茶淡饭外，别无长物，彰显了其一生清廉自守的高尚品质。
消息传出，举国震动。从朝廷重臣到地方百姓，无不深切缅怀。江宁城中，百姓自发罢市，以泪洗面，家家户户绘制于成龙画像，设坛供奉，寄托哀思。每日，成百上千的民众涌向官署，衙门内外人潮涌动，哭声震天，足见其深得民心。
康熙帝闻讯，深感痛惜，特赐亲撰碑文，以表对于成龙清正廉洁、勤政爱民的崇高敬意，并追赠其为太子太保，赐谥号“清端”，意喻其清廉正直，品行高洁，为后世楷模。
雍正帝继位后，