离职返回京城。然而，他并没有因此停下脚步。康熙二十八年（1689年），他再次被任命为云南巡抚，这一次他带着更加坚定的决心和丰富的经验回到了云南，继续推行改革措施，加强边疆的稳定。
再次出任云南巡抚 王继文深知云南边疆的稳定对于整个清朝的边防安全至关重要。因此，他继续推行之前成功的政策，并在此基础上进行了深化和完善。他进一步加强了军需物资的管理，确保军队能够得到充足的供给，同时减轻了对当地百姓的负担。他还继续推动兴修水利和农业生产的恢复，这些措施对于提高边疆地区的自给自足能力至关重要。
升任云贵总督 康熙三十三年（1694年），王继文升任云贵总督，这是对他过去政绩的高度认可，也标志着他的政治生涯达到了一个新的高度。作为云贵总督，他的职责范围更广，不仅要关注云南的治理，还需要兼顾贵州的事务，这对于维护西南边疆的安全具有重要意义。
军事行动 王继文在任云贵总督期间，面临的一个重要挑战是鲁魁山地区的叛乱。鲁魁山位于云南边境地带，地理位置重要，是控制边疆的关键区域之一。王继文果断采取行动，督兵进剿鲁魁山，有效地镇压了当地的叛乱势力。这次军事行动不仅展现了王继文出色的军事指挥能力，也向周边地区展示了清朝政府维护边疆安全的决心。
增设防务 为了确保边疆的长期稳定，王继文在关键地区增加了兵力，并加强了防御力量。他根据实际情况调整了军事部署，确保边防力量能够快速应对各种突发情况。此外，他还注重边疆地区的基础设施建设，比如修建道路和驿站，以提高军队的机动性和响应速度。
五、晚年
康熙三十七年（1698年），王继文因年老体衰请求退休，得到了朝廷的批准。尽管他已经离开了官场，但他的影响力仍然持续存在。康熙四十二年（1703年）五月，王继文去世，享年六十六岁。为了表彰他对国家的贡献，朝廷赐予了他隆重的葬礼。
结语
王继文一生致力于边疆的治理和发展，通过不懈的努力，不仅解决了云南的内部问题，还增强了边疆的稳定性和安全性。他的事迹激励着后来的人们继续为国家的繁荣和稳定贡献力量。