康熙皇帝随后命令众大臣推荐能够接替皇太子位置的皇子人选。众大臣中有人举荐了八阿哥允禩，这让康熙皇帝非常不满。不久之后，由于皇太子允礽的病情有所好转，康熙皇帝决定将其释放。
次年，即康熙四十八年（1709年）正月，康熙皇帝召见众大臣，询问究竟是谁首先提议立允禩为皇太子。结果发现这一提议实际上出自大学士马齐。在质问佟国维时，康熙皇帝提到了之前佟国维的奏疏，询问他既然已经解任，为何还要在众大臣之前提出这样的建议。佟国维解释说，虽然他已经解任，但仍然身为国舅，希望皇帝能尽快康复，所以才提出迅速决定皇太子人选之事。
对此，康熙皇帝表示，将来如何处理这个问题到时候自然会知道，不应该因为私心而妄言。次日，康熙皇帝再次提到此事，强调佟国维每次都说要祝福天和佛，希望皇帝万岁，但是现在最重要的是应该考虑皇帝的身体，认为所有的皇子都是皇帝的儿子，不应该偏袒某一个而损害其他皇子，这样皇帝处理起来就会容易得多。
一个月后，康熙皇帝已经决定恢复允礽为皇太子，并再次向佟国维阐述了自己当初拘禁允礽的原因，是因为允礽曾经患有疯疾，出于国家利益考虑不得不这样做。后来得知允礽是因为被人诅咒所致，通过治疗已经痊愈，于是又释放了他。康熙皇帝对佟国维之前激烈的陈奏表示不解，询问他究竟有何用心。面对皇帝的质问，佟国维只能承认错误，并请求严惩。
康熙皇帝表示，他是为了安抚群臣才这样做的，并不是真的想要惩罚佟国维。他还提到，佟国维最初提出建议时，大家都称赞他是一个国家的大臣，而现在他的真实想法已经暴露出来，人们将会如何看待他。康熙皇帝最后指出，佟国维的言论让人感到迷惑，也许他也受到了别人的诅咒。
康熙五十八年（1719年），佟国维去世，康熙皇帝赐予他祭祀和葬礼。雍正元年（1723年），雍正皇帝追赠佟国维为太傅，并赐谥号“端纯”，亲手书写“仁孝勤恪”的匾额，命令将其悬挂在墓道上以表彰他的贡献。
三、死后哀荣
佟国维去世后，康熙皇帝给予他极高的哀荣，这不仅体现在对他的追赠和封号上，还包括为他和其妻子撰写的碑文和祭文，以