95年，噶尔丹再次试图发动进攻，但被康熙帝预先得知，采取了应对措施。1696年，康熙帝亲自指挥三路清军，约定夹攻噶尔丹。五月，清军西路军在大将军费扬古的率领下，在昭莫多（今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹，几乎全歼其主力，噶尔丹仅率数十骑逃亡。
昭莫多之战后，噶尔丹的处境变得十分艰难。他的部众四散逃亡，伊犁河流域已被策妄阿拉布坦控制，土尔扈特汗国的阿玉奇汗与策妄阿拉布坦结成反噶尔丹联盟，沙皇俄国也拒绝接纳他，回部、青海、哈萨克等地也与他断绝了联系。清朝还封锁了通往青海和西藏的道路，使得噶尔丹处于孤立无援的状态。
六、兵 败 病 亡
1696年，噶尔丹的势力已经大大削弱，面临着前所未有的困境。这一年的十月十二日，噶尔丹派遣寨桑格垒沽英出使清朝，试图诈降以争取时间。然而，康熙帝坚信噶尔丹真心想要投降，因此在十二月二日（12月25日）遣回格垒沽英，并限令噶尔丹在70天内亲自前来投降，否则将亲自率军讨伐，绝不中途停止。
不久之后，噶尔丹的儿子塞卜腾巴尔珠尔在哈密被捕的消息传到了北京，这进一步证实了噶尔丹的困境。1697年上元节期间，康熙帝根据这一情报判断噶尔丹可能也将有所行动，因此决定第三次亲征，抵达宁夏地区准备应对。
1697年三月初，噶尔丹流窜到阿察阿木塔台地方，当时跟随他的亲信仅有阿拉尔拜、讷颜格隆两人，其余随从不超过百人，而且大多缺乏物资，生活极为困苦，只能捕猎野兽为食，有时甚至不得不宰杀自己的马匹和骆驼来充饥。康熙帝派遣两名准噶尔人前往劝降，但被噶尔丹拒绝。
1697年闰三月十三日（4月4日），噶尔丹在科布多地区的布颜图河边的阿察阿木塔台地方病逝。在他去世后，随从丹济拉等人火化了他的遗体，并携带骨灰与噶尔丹的女儿钟察海准备向清朝投降。然而，在途中遭到了策妄阿拉布坦派遣的堪都等人的追击，噶尔丹的骨灰、女儿钟察海以及一些重要人物如诺颜噶隆、伊拉古克三呼图克图等均落入策妄阿拉布坦手中。
丹济拉和他的部落成员失散后，在哈密见到了自己的儿子，并一同投降了清朝。清朝将他们安置在八