为议政大臣，这是清朝历史上前所未有的情况，显示了他在政治决策中的重要地位。同年十一月，他暂时兼任兵部尚书，并不久后兼任理藩院尚书，这标志着他在清朝政治体系中的地位进一步上升。
康熙三十年（1691年），马齐被正式任命为兵部尚书。在此期间，他还负责调集军队以安抚喀尔喀蒙古，以应对噶尔丹的威胁。他与侍郎布彦图等人一起行动，确保了边境地区的稳定。
康熙三十一年（1692年），马齐转任户部尚书。在这个职位上，他展现了卓越的行政能力和对财政事务的精通。例如，在康熙三十三年（1694年），他被派往盛京赈灾，有效地分配粮食和物资，缓解了当地的饥荒问题。
在康熙三十五年（1696年），当康熙帝亲征噶尔丹时，马齐被委以重任，包括调遣军队和兼任理藩院尚书。他还被安排与其他几位大臣轮流值守紫禁城，辅佐皇太子允礽处理政务。这些任务充分证明了康熙帝对马齐的信任和倚重。
康熙三十六年（1697年），马齐被委派审查官员的失职情况，如按察使囊吉理、副将杨琳等人的运粮迟误问题。通过仔细审查，他确保了公正的处理结果。
到了康熙三十七年（1698年），马齐继续承担重要的外交使命，前往喀尔喀诸部主持会盟，宣读禁令。同年，他还参与了对漕运系统的考察和改进工作，为保障漕运的安全和效率作出了贡献。
康熙三十八年（1699年），马齐处理了山西巡抚倭伦与布政使齐世武之间的争执，公正地解决了涉及地方官员的腐败问题，确保了地方行政的正常运作。
康熙四十三年（1704年），马齐的贡献得到了康熙帝的高度认可，被御书“永世翼戴”匾额以示褒奖。这不仅是对他个人成就的认可，也是对他为清朝做出的贡献的肯定。
四、遭受挫折
康熙四十七年（1708年）九月，对于富察·马齐来说是一个充满挑战的时期。这一年，康熙帝第一次废黜了皇太子胤礽，但在废黜之后不久，康熙帝又对自己的决定产生了悔意，想要重新立胤礽为太子。然而，由于皇帝的权威不容许轻易改变决定，康熙帝面临一个尴尬的局面：如何恢复胤礽的地位而不失颜面？