，即康熙十二年（1673年），尚善出任右宗正，但由于身体原因不久后卸任了这一职务。
真正的考验出现在康熙十三年（1674年），当时平西王吴三桂在云南起兵叛乱，威胁到了清朝在南方的统治。吴三桂的军队迅速向北推进，攻占了澧州、岳州等地。面对这一危机，清廷迅速做出反应。正月，任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，负责指挥荆州的军事行动；六月，尚善被任命为安远靖寇大将军，率领大军前往岳州，准备抵御叛军的进攻。
抵达岳州后，尚善采取了一系列措施来应对叛军。他首先致信吴三桂，试图从道义上对其进行劝降。在信中，尚善回顾了吴三桂早年投降清朝并协助清军消灭明朝残余势力的历史，批评吴三桂背叛了清朝的恩典，同时也背叛了明朝。尚善指出，吴三桂的所作所为既不忠也不孝，如果继续叛乱只会走向灭亡。吴三桂收到这封信后并没有立即作出回应。
与此同时，尚善积极组织军事行动。在十一月，他向康熙帝请求调派荆州的绿营兵和京口的沙唬船五十艘，以加强对岳州的攻势。在接下来的一年里，即康熙十四年（1675年），尚善采取了更为积极的军事策略。当叛军进攻夷陵时，尚善派遣水师切断了叛军的补给线。此外，他还分派兵力支援安亲王岳乐，后者正在从江西方向向长沙推进。尚善本人则继续专注于攻打岳州。
到了康熙十五年（1676年），尚善在洞庭湖一带发动了一系列攻势，成功攻取了君山。次年，即康熙十六年（1677年），尚善继续指挥清军进行军事行动。正月，他命令穆占率领水陆兵深入敌后，援助长沙。四月，吴三桂亲自来到湖南衡州，派遣部下进入两广地区，试图扩大叛乱范围。面对这一局势，尚善不仅指挥军事行动，还利用政治手段削弱叛军的士气。他频繁发布布告，向叛军将士和占领区的百姓宣传清朝的招降政策，试图分化吴三桂的军队。这些努力最终起到了一定的效果，吴军中的多位将领如林兴珠、陈华、李超等相继投降清军。
五、无功逝世
康熙十七年（1678年），尚善作为安远靖寇大将军，率领清军在岳州与吴三桂的叛军对峙。然而，在这一年中，尚善的军队未能取得明显的进展，始终未能攻下岳州，这引起了康