打破这一局面，吴兴祚巧妙地运用战术，派遣一支部队从小路秘密前进，夺取了白鸽岭的关键位置。这场突袭取得了显着成效，清军斩首六百余人，迫使大量敌军士兵落崖或溺水身亡。在追击残敌的过程中，清军收复了永春和德化两个县。
紧接着，吴兴祚指挥总兵林贤等人率领水师出击，对刘国轩的舰队发动了攻击。清军水师分三路夹击刘国轩的船只，成功烧毁了敌方六十多艘舰船，并俘虏和斩杀了六千多名敌军。吴兴祚随即向朝廷报告了这一胜利，并提出进一步加强海军力量的建议，以期彻底解决郑经的威胁。康熙帝对此表示支持，并下达了相应的命令。
次年，即康熙十八年（1679年），刘国轩再次卷土重来，企图切断江东桥以侵犯长泰。这一次，吴兴祚与都统吉勒塔布、总督姚启圣联手，成功将刘国轩击退。吴兴祚还派遣使者王国泰等人劝降了郑经的多位将领，包括蔡冲琱、林忠等，共招降了三千八百五十名士兵，并接收了六十七艘战船。由于此次的军功，吴兴祚被晋升为正一品官员。
到了康熙十九年（1680年），吴兴祚继续积极备战，他上书请求增派水师，并建造更多的战船。同年二月，水师提督万正色率领大军抵达海坛岛，吴兴祚则与宁海将军拉哈达、总兵王英等一同前往同安，攻取了汭洲和浔尾等要塞。随后，吴兴祚与拉哈达、王英分三路渡海作战，最终击败了郑军，攻占了厦门。
与此同时，万正色也成功攻克了海坛，并招降了郑经的重要将领朱天贵。接着，清军又攻取了金门岛，迫使郑经的余部撤退到台湾。康熙帝得知捷报后，下诏嘉奖，并派遣侍郎温岱前往福建讨论后续事宜。然而，温岱回京后却报告说吴兴祚存在冒功嫌疑，认为万正色才是攻克海坛的主要功臣，而吴兴祚与台湾的朱天贵之间可能存在某些事先约定。尽管如此，康熙帝还是决定对吴兴祚给予适当的奖励，授予他喇布勒哈番世职兼拖沙喇哈番。
三、总督两广
康熙二十年（1681年），吴兴祚被擢升为两广总督。在他履新之初，便积极关注民生疾苦，尤其是广东地区长期遭受前任总督尚之信苛政之苦的情况。吴兴祚上书康熙帝，详述尚之信在广东征收重税，使百姓生活困苦的事实。他列举了诸如盐埠税、渡口税