尔珲台吉丰厚礼物，还将女儿许配给他，进一步巩固了两部之间的关系。随后，固始汗以香客身份进入拉萨，接受了五世达赖的传法，并被尊为“固始·丹增曲结”，这不仅是对其军事成就的认可，更是对其在维护藏传佛教中地位的肯定。
在拉萨期间，固始汗与格鲁派高层深入商讨了青藏地区的未来走向。他们一致认为，要彻底消除威胁格鲁派生存的势力，就必须先平定康区的白利土司，再进军后藏，消灭藏巴汗的残余力量。为此，固始汗决定派出使者与清朝建立联系，寻求其政治与军事上的支持。这一战略决策不仅展现了固始汗的远见卓识，也为和硕特部在青藏地区的长期统治奠定了基础。
四、建立汗国
在成功征服了却图汗与白利土司之后，固始汗的军事与政治影响力达到了新的高峰，他的目光转向了后藏的藏巴汗，这是他在青藏地区实现全面统治的最后一道障碍。崇德六年（1641年），固始汗精心策划了一场战略欺骗，他佯装撤退，实则暗中集结兵力，对藏巴汗发起了突袭。这场战役中，固始汗的军队如猛虎下山，迅速击溃了缺乏防备的藏巴汗军，并俘虏了藏巴汗本人，最终以残酷的方式结束了这位反格鲁派领袖的生命。
藏巴汗的覆灭，标志着西藏政治格局的彻底改变，格鲁派在固始汗的强力支持下，成为了西藏的主导力量。固始汗不仅以护教法王的身份巩固了自己的大汗地位，还巧妙地利用达赖喇嘛的宗教权威，构建起对青藏地区的有效统治。他通过一系列政治与宗教措施，加强了对西藏的控制，确保了和硕特蒙古在青藏地区的长期统治。
在拉萨，固始汗建立了西藏地方政府（甘丹颇章），并亲自掌控关键职位的任命权，确保这一政权完全服从于他的意志。同时，他保留了强大的蒙古军队作为后盾，驻扎在前藏，形成了“当雄八旗”，以武力威慑任何潜在的反抗力量。面对藏巴汗残余势力和噶玛噶举派信徒的叛乱，固始汗采取了果断而强硬的镇压手段，摧毁反对派的寺院，强制改宗，从而巩固了和硕特蒙古在西藏的统治基础。
此外，固始汗还展现出了深远的政治眼光和宗教智慧。他意识到，要长期维持对西藏的统治，必须平衡各方势力，特别是要妥善处理与格鲁派内部的关系。为此，他通