《欬气集》中。同年八月，吕留良因病去世，享年五十五岁。
在生命的最后几天里，吕留良仍然坚持完成《朱子近思录》及《知言集》的补辑工作，并创作了《祈死诗》六篇。面对子侄和弟子们的劝慰，他回答说：“只要还有一口气在，就不敢不努力。”临终之际，他勉励门人要“细心努力为学”，并告诫后人要恪守“孝友大义”。在最后一刻，他突然说道：“我现在鼻息间的气息，只有出没有进。”门人们呼唤他“先生”，他回答：“人人都会这样！”声音虽半涩，但字字清晰。随后，他让众人退出房间，作揖告别了三四次。最终，吕留良从容地正了正面容，伸直双脚，叉手安详地离世。
吕留良去世的消息传开后，远近的士人都为之悲痛不已，认为这是学术界的一大损失。八月十七日，何商隐前来吊唁，泣不成声地说：“二十年的交情就此结束，伤心啊，伤心！”陈执斋、陆稼书为他撰文祭奠，黄宗炎作诗哀悼，查慎行也创作了《挽吕晚村徵君》诗。十一月二十九日，吕留良被安葬于识村祖坟（位于今天的留良乡识村东长板桥西侧）。
五、祸及后人
吕留良去世后，他的思想和学说仍然在民间广为流传。他的弟子及追随者曾静等人继续传播他的学说，试图延续吕留良的精神遗产。然而，这种传承最终引发了严重的后果。
雍正年间，曾静试图策动川陕总督岳钟琪反叛清廷，但计划败露。曾静被捕下狱，并供出了吕留良及其两位学生。尽管吕留良早已去世多年，但清廷依然对他进行了严厉的惩罚，不仅剖棺戮尸，还将他的着作全部焚毁。这一事件不仅针对吕留良本人，也波及了他的学生和后人，显示出清廷对任何潜在威胁的极端反应。
然而，随着时间的推移，吕留良的冤屈逐渐得到了昭雪。辛亥革命后，随着清朝的覆灭，人们对吕留良的评价发生了根本性的转变。浙江督军汤寿潜将西湖彭公祠改为崇祀三贤之地，吕留良被列为三位贤人之一，与另外两位明末清初的着名学者并列。
为了纪念吕留良，知县及地方绅耆为他修建了新墓，并在孔庙后方建造了一座纪念亭。蔡元培为此书写了匾额和对联，并立碑以示永久纪念。如今，在桐乡县境内有两个乡镇分别以其名号命名，分别是留良乡和晚