别是在应对吴三桂的动向上。
吴三桂当时镇守云南，他利用边境纷争企图巩固自己的军事力量。为此，吴三桂捏造了土番康东入侵的消息，试图诱使甘文焜调动军队，然后暗中唆使凯里的苗族趁机作乱。然而，甘文焜洞察了吴三桂的计谋，他判断康东不会构成重大威胁，而凯里苗族的动向才是真正的隐患。于是，甘文焜采取了先发制人的策略，指挥部队攻击凯里苗族的核心区域，派遣副将冶秉忠去剿灭阿鲁山的苗族，杀死了苗酋阿戎。在平定了凯里苗族之后，甘文焜才着手与云南方面合作，准备联合讨伐康东。但吴三桂害怕自己的图谋败露，声称康东已经逃走，这使得吴三桂对甘文焜更加警惕。
甘文焜不仅在军事上有所建树，在治理云贵地区的过程中也展现了卓越的能力。他亲自巡视云南、贵州两地，深入了解当地的情况。在康熙十年（1671年）三月，他上疏指出滇黔两地山道崎岖，气候多变，导致许多官员在任职期间不幸去世。他请求朝廷允许这些官员的家属领取路费，以便将遗体送回家乡安葬。这一提议得到了批准，并成为了制度的一部分。
同年九月，甘文焜遭遇了母亲去世的家庭变故，他向朝廷提出辞职申请，希望返回家乡服丧。但是，鉴于他在云贵的重要作用，康熙帝下令让他继续在任上履行孝道。尽管如此，甘文焜还是请求回家安葬母亲，并获得了批准。
与此同时，吴三桂看到了机会，请求兼任云南巡抚，并试图通过控制军队来加强自己的权力。他要求将甘文焜所辖的军队全部调往云南，希望通过给予利益来争取他们的效忠。这一系列动作显示了吴三桂正在扩大自己在云南和贵州的影响范围。
随着甘文焜离开，吴三桂进一步巩固了对云贵两省的控制，不仅掌握了两地文武官员的任命权，还能够影响其他省份的官员选拔。他与朝中的权臣如鳌拜相互勾结，形成了内外呼应的局面。经济上，吴三桂享有独立的财务运作权，每年还能从国库领取巨额资金，并通过征收苛捐杂税、开采金银铜矿、自铸钱币等方式积累财富。此外，他还通过茶马贸易与西藏建立联系，进一步增强了自身的实力。
三、独撑危局
康熙十二年（1673年）正月，随着广东的尚可喜请求回辽东养老，吴