间，其父、嗣父及生母相继离世，对他而言无疑是沉重打击。但出于对国事的责任感与个人仕途的考量，于敏中在母丧期间选择隐瞒，以期早日重返朝堂。这一行为虽被御史朱嵇揭发并弹劾，但乾隆帝鉴于其不可多得的才华与当前职位的重要性，非但没有严惩，反而维护了于敏中，斥责了朱嵇的过分之举，并于年底将其擢升为户部侍郎
乾隆二十五年（1760年）十月，于敏中被任命为军机大臣，正式参与到国家最重要的机要事务之中。这一年，于敏中46岁，正值壮年，而乾隆帝也正处于盛年时期。因此，于敏中在处理政务时，格外注重细节，力求做到周密稳妥。他深知自己肩负重任，因而不论大小事务，都谨慎奉旨而行，深得乾隆帝的信任。
乾隆帝常常即兴作文赋诗，且往往不打草稿，吟诵完毕后便交给于敏中记录。于敏中记忆力惊人，总能将乾隆帝的吟诵内容牢记于心，再一字不漏地誊写下来。有一次早晨，乾隆帝在御花园中即兴赋诗七首，并作了两篇文章。当天晚上，乾隆帝收到了于敏中所记录的内容，发现一字不差，不禁拍案叫绝，对于敏中的能力和忠诚更加倚重。
乾隆三十年（1765年），于敏中被提拔为户部尚书，成为朝廷的核心官员之一。此时，于敏中唯一的儿子于齐贤虽已长大成人，但在乡试中未能中榜。乾隆帝念及于敏中的贡献，特别恩赐其子按尚书品级补为荫生，进入国子监学习。同时，由于于敏中的正室夫人已经病逝，乾隆帝特封其妾张氏为淑人，以表彰于敏中的贡献。
乾隆三十一年（1766年），梁瑶峰进入军机处，乾隆帝命其专司诗文，而让于敏中专注于国家政务。有一次，乾隆帝召见于敏中和梁瑶峰，吟诵了几首诗文。于敏中察觉到梁瑶峰并未注意记录，于是立即给梁瑶峰使眼色提醒，但梁瑶峰却茫然不知所措。待乾隆帝吟诵完毕，二人退出后，于敏中询问梁瑶峰是否已经誊写好诗文，梁瑶峰这才意识到自己疏忽了。于敏中见状，便主动提出由自己来回忆并抄写。他独自坐在屋内，凭借出色的记忆力，很快就将乾隆帝吟诵的内容完整地记录了下来，全篇仅有一个字的小误差。这件事再次证明了于敏中的非凡记忆力和办事能力，也让梁瑶峰感到十分惭愧。
乾隆三十三年（1768年