凭借自己的能力和满洲贵族的身份，在被释放后的次年即得到了重新起用的机会，并逐步恢复了自己的地位，最终在五年后晋升为内阁学士兼礼部侍郎，开始了他更加辉煌的政治生涯。
二、随平新疆
阿桂在乾隆二十年（1755年）参与了清朝对西北地区的军事行动，这一时期正值清朝决定性地解决准噶尔问题的关键时刻。随着厄鲁特蒙古内部的动荡，乾隆帝抓住机会，派遣大军分两路向准噶尔部发动进攻。这一战役旨在完成康熙、雍正两朝未能实现的目标——彻底平定准噶尔。
阿桂最初的任务是在乌里雅苏台管理台站，负责传递公文和供应前方所需的物资。他以勤勉谨慎的态度赢得了乾隆帝的宠臣、靖边副将军成衮扎布的信任。在此期间，阿桂先后被授予参赞大臣、镶红旗蒙古副都统和工部侍郎等要职，显示了其在军队中的重要地位。
然而，就在阿桂在前线积极工作之时，其父阿克敦于乾隆二十一年（1756年）正月去世。阿桂被准许暂时离岗，回京料理丧事。但没过多久，他又回到了前线继续执行任务。在清军的强大攻势下，准噶尔部的割据势力迅速瓦解，到了乾隆二十二年底（1757年），大部分地区已被平定，但仍有部分残余势力在顽抗。
为了彻底清除这些残余力量，阿桂先是率军策应他塔喇·唐喀禄部，追击意图逃往俄罗斯帝国的辉特部首领舍楞。随后，他又与副将军瓜尔佳·富德一同追捕其他抵抗力量。这一系列的行动展示了阿桂卓越的军事才能和坚定的决心。
正当清军准备结束对准部的军事行动之际，天山南路的回部地区爆发了霍集占兄弟领导的叛乱。乾隆二十四年（1759年）五月，阿桂奉命前往霍斯库鲁克，与富德汇合，共同追击霍集占兄弟。同年八月，两军在阿勒楚尔（今帕米尔巴尔唐河北雅夫索尔西南）展开激战。此时，叛军凭借数千兵力，誓死抵抗，战斗一度陷入僵局。
在关键时刻，阿桂亲自率领数百名精锐士兵，采取迂回战术，从山脚绕至敌人右侧发起突袭。这一突如其来的攻击让叛军措手不及，阵线顿时大乱。清军随即展开猛烈攻势，叛军损失惨重，被迫逃窜。阿桂继续率军紧追不舍，直到伊西洱库河（即今帕米尔西之喷赤河）再次将敌军包围