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在清军的连续打击下，叛军彻底崩溃，大量敌兵选择投降。霍集占兄弟见大势已去，只好带着少数亲信逃往巴达克山（今阿富汗东北部）。同年十月，巴达克山的首领素勒坦沙向清军献上了霍集占兄弟的首级，宣告了这场叛乱的彻底结束。
三、两驻伊犁
乾隆二十四年（1759年），阿桂被委以重任，前往阿克苏处理战后的善后事宜。面对战乱后军粮短缺的问题，阿桂果断采取措施，将当地的牛羊作为伊犁驻防军的储备粮食，并安排专人进行牧放和照管。这一举措不仅解决了眼前的食物供给难题，也为后续的屯田计划奠定了物质基础。
同年十月，阿桂与定边将军乌雅·兆惠会面，共同商讨伊犁驻军及迁徙阿克苏等地回部农民至伊犁屯田的具体办法。乾隆帝对此高度重视，特地下令阿桂率领军队护送回部农民前往伊犁，并负责屯田的具体管理工作。这项任务的重要性不言而喻，因为伊犁屯田的成功与否，直接关系到该地区未来的稳定与发展。
乾隆二十五年（1760年）初，阿桂率领满洲索伦兵、绿营兵以及回部农民前往伊犁，开始了屯田工作。伊犁地区在经历了多年战争后，满目疮痍，重建工作面临重重困难。乾隆帝虽然深知驻军和屯田的重要性，但在如此恶劣的条件下，是否能够取得预期效果，他心中并无十足把握。为此，乾隆帝下令各军营大臣讨论如何分兵驻守伊犁。
在这个关键时刻，阿桂挺身而出，力排众议，坚持屯田的观点。他认为，只有通过屯田才能从根本上解决驻军的粮食问题，同时也能增强清军在当地的存在感，阻止叛军复燃，并抵御外部势力如俄国的侵扰。阿桂的建议得到了乾隆帝的认可和支持，并迅速实施。
在阿桂的领导下，屯田工作迅速开展起来。首先，他组织人力制造农具，指导农民和士兵进行农业生产。得益于他们的辛勤付出，当年秋天屯田就获得了丰收，粮食产量翻倍，解决了驻军的粮食需求问题。这极大地鼓舞了阿桂的信心，并促使他进一步推进屯田事业。
乾隆二十六年（1761年），阿桂采取了一系列措施来促进屯田的发展。他禁止内地人到伊犁购买牲畜，以保障当地畜牧业的发展。同时，他还鼓励叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏