，改授为参赞大臣。
同年九月，傅恒抵达前线，清军分三路出击，阿桂指挥蛮暮新造的战船沿大金沙江出兵，与傅恒等会师。在老官屯的战役中，阿桂部署伏兵于甘立寨，并取得了一定的战果，最终与其他两路清军一起围攻老官屯。
然而，由于缅军顽强抵抗以及水土不服导致清军大量减员，加之阿里衮病逝、傅恒重病，形势对清军极为不利。在这种情况下，乾隆帝下令阿桂筹划撤军事宜，并于乾隆三十四年（1769年）底与缅甸方面达成和议。同年十二月，阿桂被任命为礼部尚书，负责处理战后的善后事宜，但由于他当时仍在云南，因此先由索尔纳代理其职。
与此同时，木邦、蛮暮和孟连等地的土司头目为了避免缅甸的威胁，请求清廷将他们安置于内地。阿桂建议将云南大理、蒙化一带原有的马厂官庄田地划给这些土司头目居住，这一提议得到了朝廷的批准。
乾隆三十五年（1770年），阿桂兼任镶红旗汉军都统。然而，由于缅甸方面未能履行议和协议，继续扣押清廷使者，乾隆帝对此感到不满，决定再次调整阿桂的职务，将其领侍卫内大臣、礼部尚书和镶红旗汉军都统等职全部革除，仅保留内大臣的职位，并命令他继续参与军务以求自赎。
到了乾隆三十六年（1771年），乾隆帝命令阿桂出偏师骚扰缅甸，试图通过消耗对方实力后再行大规模进攻。然而，阿桂则建议应当大举攻缅，这一提议并未得到乾隆帝的认可。相反，乾隆帝认为阿桂的建议不合时宜，并通过手诏严厉批评了阿桂，剥夺了他的官职，但允许其留在军营效力。
五、金川元功
乾隆三十六年（1771年），正当阿桂因缅甸事务屡遭贬斥之际，四川金川地区的形势再度紧张，清朝的注意力从缅甸转向金川。这一变化为阿桂提供了洗刷旧耻、建立新功的机会。
金川地区自乾隆十四年（1749年）清军平定后，虽然暂时恢复了平静，但由于该地区仍由土司管理，各土司之间时常发生争端。乾隆中期以后，大金川土司莎罗奔年老，其孙索诺木开始主持土司事务，并不听从清廷的劝诫，频繁侵犯邻近土司。乾隆三十六年（1771年），索诺木诱杀了革布什扎土司，而小金川的僧格桑也攻打鄂克什和