法，以治理长江水患。尽管阿桂在治理河工方面的努力并未能彻底解决黄河泛滥的问题，但他确实减轻了水患带来的损失，并促进了农业生产的发展。
除治理河工外，阿桂还被委派处理甘肃地区的撒拉族、回族起义。乾隆四十六年（1781年），在马明心的支持下，苏四十三和韩二个领导的起义爆发。清廷紧急调派阿桂和和珅前往督师。阿桂抵达后，凭借精良的武器和兵力优势，成功镇压了起义，并采取措施压制新教徒。然而，这些措施激起了更大的反抗，导致了乾隆四十九年（1784年）的第二次起义。阿桂再次被派往甘肃，最终攻陷了石峰堡，结束了起义。
乾隆五十二年（1787年），台湾发生林爽文起义，阿桂在外地治水期间，被乾隆帝咨询关于用兵的方略。阿桂建议福康安应当扼守要害，分道并进，这一策略得到了乾隆帝的认可。
七、查办钦案
乾隆四十六年（1781年），甘肃发生了一场被称为“冒赈案”的贪污大案，这起案件是由阿桂揭露和查办的。当时，阿桂与和珅一同被派往甘肃镇压撒拉族和回族起义。在起义期间，甘肃地区时常下雨，这让乾隆帝对近年来甘肃官吏频繁上报旱灾并请求赈济的行为产生了怀疑。于是，乾隆帝下令阿桂和陕甘总督李侍尧调查此事。
阿桂和李侍尧经过调查后，发现了事情的真相。这起贪污案始于乾隆三十九年（1774年），当时的浙江布政使王亶望调任甘肃布政使。王亶望到任后，与陕甘总督勒尔谨合谋，将收捐监生的米粮改为折色银两，并年年虚报旱灾，以监粮赈济为名，将这些银两私分。这一行为严重损害了国家的利益和社会的公平正义。
乾隆帝得知此事后，极为震怒，并特别派遣侍郎杨魁到浙江，会同巡抚陈辉祖，将已经调回浙江的王亶望拘留审讯，并抄没了他的家产，查获了赃银一百多万两。在确凿的证据面前，王亶望不得不承认自己是如何私自改变监粮制度，指示兰州知府蒋全迪暗示各州县官员伪报旱灾，以及如何私分银两的罪状。
根据王亶望的供述，乾隆帝下达命令，判处王亶望死刑，并赐勒尔谨自尽。时任甘肃布政使王廷赞被判绞刑，并在兰州将蒋全迪斩首。同时，乾隆帝还命令阿桂彻查甘肃各级官员在此案中