应等县遭受水灾。在此背景下，学习河务的布政使富勒赫上奏指出南河公费存在亏空问题，乾隆帝派遣策楞和刘统勋前往调查。调查结果揭露了多名官员的贪腐行为，其中包括外河同知陈克济、海防同知王德宣以及通判周冕等人。乾隆帝对高斌未能及时制止这些违法行为感到极为不满，并因此将他与协办河务张师载一同撤职，但允许他们在工地上效力以赎罪。
同年九月，黄河在铜山张家路决口，水流南下注入灵、虹等县，最终汇入洪泽湖，导致淮河水位上升。乾隆帝对这一事件的发生表示不解，认为既然秋汛已过，为何还会出现如此严重的决堤？他命令高斌前往铜山，在限定的时间内完成堵口任务。在处理过程中，策楞上奏揭发同知李敦和守备张宾涉嫌贪污并延误工期，乾隆帝下令将二人斩首，并让高斌与张师载在场见证行刑，以此作为警示。然而，在行刑后，乾隆帝还是赦免了高斌与张师载，让他们继续留在工地效力。
五、死后哀荣
乾隆二十年（1755年）三月，高斌在工地上去世，享年七十二岁。乾隆帝得知消息后，给予了他内大臣的头衔，并从内库拨款一千两白银用于办理丧事，以示对其一生贡献的肯定。
乾隆二十二年（1757年），乾隆帝南巡期间，发布谕旨，高度评价了高斌在其担任河道总督期间所取得的成绩。乾隆帝特别提到了高斌在治理毛城铺时所采取的有效措施，如设立徐州水位标志，规定水位达到一定高度才开启闸门，以控制黄河水量。然而，后来的人没有遵循他的方法，导致了黄河水量减弱，河床淤积等问题。此外，高斌还坚持每年冬季亲自率领下属填筑黄河两岸的支河，这些做法有效地减少了洪水带来的损失。尤其是在三滚坝泄洪方面，高斌坚持堵闭，使得下游的州县多年获得了丰收。尽管在后期因过于自信而导致了张家路和运河河闸决堤的失误，但总体而言，高斌的贡献不应被抹杀。
基于此，乾隆帝决定将高斌与历史上着名的治河专家靳辅、齐苏勒、嵇曾筠一同列入祭祀名单，以此激励后来的河务管理者。
乾隆二十三年（1758年），高斌被追赠“文定”的谥号，彰显了他作为文臣的卓越贡献。
乾隆四十四年（1779年），乾隆帝御制《怀旧诗》