乾隆三十八年（1773年），李侍尧被授予武英殿大学士的高位，但仍留在两广总督的职位上。这一年，安南（今越南）发生了内乱，清廷命令广西的镇守和道员加强防御，以防内乱波及清朝边境。李侍尧在这一过程中发挥了重要的协调作用，确保了边境的安全。
乾隆四十年（1775年），广东地区出现多起民众结党起事的情况，兵部对此展开调查，并追究武官的失职责任。李侍尧认为，如果过度追究武官的责任，可能会导致他们畏首畏尾，反而不利于维护社会稳定。他上奏乾隆帝，建议慎重处理武官的责任问题，以免造成更大的隐患。乾隆帝认同了李侍尧的观点，并下诏嘉奖他的忠心和办事能力。
乾隆四十二年（1777年），李侍尧被任命为云贵总督，负责处理与缅甸相关的事务。他在处理“缅甸遣越州民入关为谍案”时表现出色，得到了乾隆帝的高度赞赏。这一时期，李侍尧的仕途达到了一个新的高峰。
乾隆四十三年（1778年），缅甸再次派遣腾越州的民众潜入清朝境内从事间谍活动，李侍尧迅速采取行动，将间谍抓获并送往京城。随后，他建议在永昌和普洱等地增派兵力，加强边境防御。虽然乾隆帝最初对此表示怀疑，但在李侍尧坚持下，最终同意了在杉木陇设立大汛，并调派腾越的士兵五百人前往驻守。同时，在千崖设立小汛，调派南甸的士兵二百人驻守，并分兵把守虎踞、铜壁等重要关卡。这些措施大大增强了西南边境的安全。
然而，好景不长，乾隆四十五年（1780年），云南粮储道海宁向朝廷举报李侍尧贪纵营私。乾隆帝命尚书和珅、侍郎喀宁阿调查此事。在调查过程中，李侍尧承认了自己确实存在贿赂下属的行为。乾隆帝对此极为愤怒，下令将李侍尧逮捕回京，并夺去了他的官职。和珅等人上奏建议判处李侍尧斩监候，并剥夺其爵位，改授给其弟李奉尧。随后，大学士九卿商议后，建议改为斩立决。乾隆帝出于宽恕之心，再次下旨要求各部门商议。最终，李侍尧被改为斩监侯。
四、平定回民起义
乾隆四十六年（1781年），甘肃撒拉尔回人苏四十三领导了一次大规模的起义。面对这一严峻形势，乾隆帝派遣大学士阿桂前往甘肃视察，并特旨授予李侍尧三品顶戴和