孔雀翎，命其前往甘肃管理军事。当时，甘肃冒赈案暴露，总督勒尔谨因此被治罪，乾隆帝任命李侍尧代理总督职务，负责平息此次起义。
李侍尧到任后，迅速投入到了平定起义的工作中。他不仅在军事上采取了有效的措施，还在行政管理上展现出卓越的才能。乾隆四十七年（1782年），李侍尧上奏朝廷，请求允许从现任总督以下各级官员的养廉银中扣除部分款项，用于弥补皋兰等州、县所欠的钱粮。乾隆帝考虑到实际情况，最终决定豁免这笔债务。此外，李侍尧还请求豁免当地民众拖欠的三十万两税银，以减轻百姓负担，稳定民心。这一系列举措得到了乾隆帝的认可和支持，他也因此被加封为太子太保衔，并获得现任品级顶戴。
然而，就在李侍尧似乎已经控制住了局面之际，新的危机又出现了。乾隆帝多次命令李侍尧秘密查看新教的回民，以防止再次发生类似苏四十三起义的事件。不久之后，田五等人再次发起起义，李侍尧与固原提督刚塔联手逮捕了田五。然而，田五的党羽并未就此罢休，他们很快又组织力量攻打靖远。当时，李侍尧驻扎在靖远，命令刚塔率军前去镇压，但叛乱持续了很长时间仍未平息。
鉴于此，乾隆帝派遣大学士阿桂和尚书福康安前往甘肃，亲自指挥平叛。然而，在这一过程中，渭城失陷，西安副都统明善战死，叛军占领了石峰堡。乾隆帝对此十分不满，认为李侍尧在处理此次事件中表现出了渎职和怯懦的行为，于是将其官职剥夺，但仍令其在军中效力督饷。
不久之后，李侍尧又督兵前往伏羌。然而，福康安到达军中后，揭发了李侍尧在处理军事事务中的玩忽职守行为。李侍尧因此被逮捕并送往热河行宫接受审查。诸王大臣按律治罪，拟判其斩立决，但乾隆帝最终改判为斩监候。乾隆五十年（1785年），乾隆帝下旨将李侍尧释放，并安排他暂时担任正黄旗汉军都统和户部尚书的职务。
五、晚年
乾隆五十二年（1787年），湖北江陵的民众向朝廷上诉，指控知县孔毓檀在赈灾过程中贪赃枉法。清廷命令李侍尧前往调查处理。经过仔细查验后，李侍尧上奏朝廷称，孔毓檀并未贪赃，只是在救灾过程中行动迟缓。基于此，清廷决定不再追究孔毓檀的贪赃之责，而李侍尧则因