此事被任命为湖广总督。
不久之后，李侍尧正式被授予湖广总督的职位。这标志着他在地方治理上的又一次重要任命，显示了朝廷对他的信任与倚重。
同年，台湾爆发了林爽文起义，清廷迅速调派李侍尧为闽浙总督，驻守蚶江。面对台湾局势的紧张，李侍尧意识到需要加强军事力量以应对叛乱。他评估了当时的兵力，认为前闽浙总督常青率领的军队数量不足，于是调集了广东和浙江的兵马支援台湾前线。同时，为了防止叛军抢夺粮草和武器，李侍尧调派船只分别驻守在鹿耳门和鹿仔港进行防御。这一系列部署得到了乾隆帝的高度评价，称赞他调度有方。
然而，由于叛乱持续未能平息，乾隆帝对常青的能力产生了质疑，并决定派遣福康安为将军赴台指挥作战。李侍尧担心常青提前泄露朝廷的指令，可能会引起军心动摇，因此秘密寄发了旨意，并上书请求宽恕他擅自行事之罪。乾隆帝对此非常满意，认为李侍尧的做法“深合机宜，得大臣体”，并赐予他双眼孔雀翎以示褒奖。
然而，在处理台湾事务过程中，李侍尧也遭遇了一些挫折。福康安弹劾提督柴大纪，乾隆帝因此责备李侍尧有徇私枉法之嫌。面对这种情况，李侍尧并未回避责任，而是选择了积极应对。乾隆五十三年（1788年），他也上奏弹劾柴大纪的贪赃行为，并主动请求治罪。乾隆帝最终宽恕了他，并在台湾平定后，命他继续袭任伯爵。
台湾平定后，清廷在台湾建立了福康安等人的生祠，以表彰他们在平叛中的贡献。李侍尧被排在福康安、海兰察之后，体现了朝廷对其功绩的高度认可。乾隆帝再次下令将其画像悬挂于紫光阁，位列前二十功臣之一。
然而，李侍尧的生命并没有随着台湾的平定而延续太久。同年十月，他因病逝世，朝廷赐予他“恭毅”的谥号，以此表彰他一生的忠诚与贡献。
结语
李侍尧的故事是一部活生生的历史画卷，它见证了清朝盛世背后的权力斗争、外交博弈以及社会变迁。作为一个时代的产物，李侍尧以其独特的经历和贡献，成为了那个时代不可或缺的一部分。无论是他在外交领域的贡献，还是其在内政管理方面的成就，都在一定程度上影响了清朝的发展轨迹。