克，要求归还潜逃的阿睦尔撒纳。随着富德的大军在塔尔巴哈台俘获了叛军首领巴雅尔及其随从，兆惠也开始着手处理阿睦尔撒纳的问题。通过哈萨克汗阿布赉的帮助，兆惠成功地获得了阿睦尔撒纳的部分亲属，并将他们押送至京城。同时，兆惠还派遣其部下击败了阿睦尔撒纳的残部，并招降了部分叛军，进一步巩固了清军在该地区的控制权。
到了乾隆二十二年（1757年）十二月，回部发生了大小和卓叛乱。乾隆帝任命兆惠为定边将军，负责南疆的讨伐任务。兆惠提出了先屯田于乌鲁木齐，待来年春季再行进军的建议，但乾隆帝认为这是怯懦的表现，并下达了责备的诏书。
乾隆二十三年（1758年）正月，兆惠决定首先解决厄鲁特人的威胁，然后再集中精力对付回部叛军。为此，乾隆帝任命雅尔哈善为靖逆将军，负责直接进攻南疆，而兆惠则需要在完成对厄鲁特蒙古的剿灭后，与雅尔哈善会师共同进击叛军。
兆惠在执行任务时，与副将军车布登紮布、副都统瑚尔起、侍卫达礼善等分四路进攻厄鲁特蒙古余部。尽管乾隆帝对一些叛军头目的未被捕获表示不满，但兆惠还是在四月份成功抓获了鄂哲特等人，并将他们押送至北京。
在处理完厄鲁特事务后，兆惠奉命前往库车视察军务。正当他返回北京时，乾隆帝的诏令要求他立刻前往库车支援雅尔哈善。由于雅尔哈善的军队已经被库车的叛军所围困，霍集占趁机逃脱。乾隆帝随即命令兆惠取代雅尔哈善的位置，并嘉奖他敢于亲自率领八百人赴库车，誓言不破敌军誓不还朝的决心。
四、黑水营之围
乾隆二十三年（1758年）八月，定边将军兆惠率领清军从伊犁南下，旨在平定回部大小和卓的叛乱。兆惠派遣副将富德驻守阿克苏，自己则率领四千余骑兵和步兵向叶尔羌城进发。叶尔羌城是一座坚固的堡垒，周围有十二座城门，叛军在城东五里处挖掘壕沟，构筑工事，以抵御清军的进攻。
十月初三日，兆惠的部队抵达辉齐阿里克，距离叶尔羌城约四十里，并在此扎营。他随即派出左右两翼的部队抢占城东的高地，以控制通往叶尔羌城的要道。初六日，叛军从东、西、北三个城门出击，试图阻止清军的推进，但在几次交锋中均被击退。