尔休整。
清军在叶尔羌河岸边重新集结，阿里衮与爱隆阿的部队合并成为右翼，而富德和舒赫德则组成了左翼，两翼合力追击叛军。正月初八，兆惠听到北方传来的枪炮声，意识到援军已至，随即分兵两路出击，成功突破了叛军的包围，并派人与富德取得联系。富德于十三日晚进至叶尔羌河岸，距兆惠的营地约二十里。次日凌晨，富德率军与叛军交战，斩杀了二三百名叛军。叛军见势不妙，纷纷渡河逃离战场。最终，富德与兆惠会师，按照谕旨返回阿克苏，黑水之围得以解除。
呼尔璊之战后，霍集占兄弟陷入困境，失去了维吾尔人的支持。二、三月间，霍集占试图寻求外部支持，联系了葱岭以西的巴达克山、浩罕等地。然而，由于浩罕未有回应，加之担心布鲁特人的干扰，和卓兄弟决定逃往巴达克山或前往痕都斯坦。
四月，随着清军占领和阗的消息传来，叶尔羌的局势进一步动荡不安。霍集占开始将家眷、财物转移至叶尔羌以西的赫色勒塔克。波罗尼都也在为逃跑做准备，他向喀什噶尔的居民征集粮食和马匹，准备在六月十日前运至塔勒巴楚克河。
与此同时，兆惠与富德正在筹备粮草，计划在麦收之前发起对叶尔羌的攻势。五月，原喀什噶尔伯克和什克建议先攻打喀什噶尔，以防止霍集占投奔浩罕的额尔德尼伯克。兆惠采纳了这一建议，并决定先攻喀什噶尔，再取叶尔羌。此时，不少流亡在外的和卓后裔开始向清军投诚。
六月十一日，兆惠率九千兵马由乌什南下，向喀什噶尔进发。阿里衮与巴禄率领三千兵马从巴尔楚克出发，在喀什噶尔与叶尔羌之间等待与富德会合，并负责守住各处要塞。六月十八日，额色尹、玛木特与波罗尼都交战，取得胜利后，他们带着众多投降者前来兆惠军营投诚。
六月二十七日，波罗尼都将喀什噶尔居民迁至城南的提斯衮，并带着约一百五十户居民及其家眷、奴仆逾千人逃往玉鲁克岭以西。霍集占在抢掠了叶尔羌居民的牲畜后，又向当地毛拉勒索了四千两白银，于闰六月二日逃往羌呼勒。大小和卓在色勒库尔会合后，向西逃窜。留在喀什噶尔和叶尔羌的伯克们随即派人迎接清军进城。
闰六月十四日，兆惠进驻喀什噶尔城，而富德的先锋部队则进驻叶尔羌城