教的活动日益猖獗。乾隆五十九年（1794年），勒保领导的官方力量成功抓捕了白莲教的重要人物刘松，并对其实施了严惩。刘松原本因在安徽传播混元教而被发配至甘肃，但他并未放弃自己的信仰，反而在那里继续发展信徒，并试图通过白莲教发动一场反对清廷的运动。刘松的活动得到了湖北樊学明、齐林，陕西韩龙以及四川谢添绣等人的支持。
然而，刘松的计划未能得逞。在勒保的指挥下，清廷果断采取行动，迅速扑灭了这次叛乱的苗头。除了刘松本人被处决之外，其他一些主要参与者如刘之协、宋之清等人也被追捕。其中，刘之协逃往外地，而宋之清则在河南、安徽一带继续传播白莲教的教义。
值得注意的是，在这次镇压行动中，有一个名叫王发生的人，他自称是明朝皇室后裔，试图利用这一身份煽动民众造反。不过，王发生的图谋很快就被揭穿，他本人被捕。鉴于他年纪尚轻，清廷最终决定将其流放到新疆而非处死。与此相反，刘之协则逃过了官方的追捕，隐匿起来。
然而，在执行镇压白莲教的过程中，由于各地官员执行命令的方式不当，导致了许多无辜民众受到牵连，造成了社会动荡。特别是武昌府同知常丹葵在荆州、宜昌一带过度扩大搜捕范围，牵连了数千无辜百姓，这使得原本已经因为苗民起义和私盐、私铸等问题感到困扰的川、楚两地民众更加不满，社会不安的情绪不断累积。
三、进剿苗疆
乾隆六十年（1795年），勒保被调任为云贵总督。彼时，湖南、贵州的苗民因不满清廷统治而频繁起义，使得这两个省份陷入了动荡之中。福康安带领的大军正在该地区进行镇压，勒保随即前往军中效力，主要任务是安抚那些归顺的苗民，并负责管理军需物资。
在勒保到达之前，云南威远地区发生了倮匪扰边事件，他本打算前往剿灭，但倮匪很快就被平息了。不久之后，福康安和和琳先后病逝于军中，清廷遂命令勒保与明亮、鄂辉共同接手军务。然而，还未等到他们完全接手，湖北的白莲教起义已经蔓延到了四川和陕西。
嘉庆二年（1797年）春天，勒保率军与林之华、覃加耀所领导的白莲教势力在长阳黄柏山展开激战。虽然福宁曾尝试攻克黄柏山但未能成功，勒保随