后亲临前线，指挥会剿，最终取得了胜利。正当勒保准备乘胜追击时，贵州南部的仲苗族却发生了叛乱，王囊仙领导的苗民包围了南笼府及其所属的多个城市，甚至攻陷了册亨，切断了滇黔之间的交通。
接到命令后，勒保迅速组织兵力应对。他首先下令总兵德英额、札郎阿、袁敏分别驻守东、西、北三路，以防止叛军进一步扩散。同时，他还请求两广总督吉庆和云南巡抚江兰加强南边的防御。勒保亲自率领按察使常明和副将施缙攻克关岭，抵达永宁时，发现副将巴图什里已经解除了该城的围困。接着，勒保率兵解救了归化的围困，并与提督珠隆阿联手攻克永丰。随后，勒保指挥总兵张玉龙和七格解除了新城的危机，并顺利抵达南笼，成功解除了该地的围困。清廷对 南 笼 的坚守表示赞赏，并赐名为兴义。
紧接着，勒保派遣常明和施缙去解救黄草坝的围困。与此同时，叛军集中兵力猛攻捧鲊和永丰，情况危急。勒保及时分兵支援，首先解除了捧鲊的危机，然后亲自率领常明和施缙进攻洞洒和当丈的叛军巢穴。叛军见势不妙，点燃了自己的营地，试图以此阻止清军的进攻。但都司王宏信和千总洪保玉不顾烈火，勇敢冲入敌营，最终擒获了王囊仙和韦七绺须，解除了永丰的围困。与此同时，吉庆也从广西赶来，协助收复了册亨。
到了六月，仲苗叛乱终于被平息，清廷为此改永丰为贞丰，并赐封勒保为一等侯爵，号威勤。同年九月，勒保被调任为湖广总督。此时，四川和湖北的叛乱形势愈发严峻，叛军内部设有不同的标识和头衔，清廷多次更换指挥官但均未能有效控制局势。最后，在宜绵的推荐下，勒保被任命为新的总指挥官，承担起了平定叛乱的重任。
四、四川剿匪
嘉庆三年（1798年）正月，勒保抵达四川梁山，着手处理日益严重的叛乱问题。当时，各色叛军在开县聚集，其中白号王三槐、青号徐天德、蓝号林亮工等势力尤为强大。勒保首先针对石坝山的曾柳发起攻击，并成功将其消灭，此举被清廷视为入川以来的第一个重大胜利，勒保因此被任命为四川总督。
王三槐逃至达州后，与蓝号冉文俦联合，而林亮工依然盘踞在开县。为了彻底解决这些叛军，勒保制定了“坚壁清野”的策略，鼓励民众依