靠山区地形优势扎寨自保，并组织乡勇进行训练。这一举措有效地削弱了叛军的力量，同时增强了地方政府对叛军的打击能力。
在接下来的几个月里，勒保亲自率军追击王三槐，历经数次战斗后，叛军被迫四处逃窜。到了五月，勒保成功诱骗王三槐投降，并将其擒获送往京师受审，自己则被晋封为公爵。然而，王三槐的残部仍然顽固抵抗，直到十月，他们才因粮尽而选择假意投降，趁夜突围。
进入嘉庆四年（1799年），徐天德被额勒登保击败后逃往新宁，与黄 号 王光祖汇合。勒保与额勒登保联合出击，迫使天德逃往垫江，而王三槐的残部则逃向忠州。鉴于此前各路军队指挥权分散的问题，嘉庆帝特别授予勒保经略大臣的职务，使其能够统一指挥川、楚、陕、甘、豫五省的军务。勒保根据叛军在四川的分布情况，决定暂时驻扎在梁山、大竹等地指挥作战。
在勒保的领导下，清军迅速击败了叛军的主要力量。到了四月，徐天德、龙绍周、龚建、樊人杰及张子聪等叛军纷纷溃逃至开县东部。六月，叛军企图进入陕西，但被勒保派兵阻击。七月，勒保指挥下的清军在云阳歼灭了蓝号包正洪的部队，并在随后的几个月里接连击败了其他几股叛军，使叛乱形势逐渐得到控制。
然而，正当勒保在前线奋战时，他却因治饷问题遭受弹劾，被指控浪费军饷且未能有效减少叛军人数。嘉庆帝对此极为不满，下令剥夺勒保的职务，并派遣魁伦前往四川调查。尽管勒保在军中有较高的威望，但由于八旗兵的骄纵态度，以及他对军纪的严格要求，导致了诸多非议。最终，勒保因种种原因被判死刑，但由于皇帝念及他过去的功劳，改为监禁。
到了嘉庆五年（1800年），随着叛军再次活跃，清廷不得不重新启用勒保。他再度赴川指挥作战，并在数月之内接连取得胜利，逐渐平定了叛乱。
五、移师川东
嘉庆六年（1801年）正月，勒保率军进入川东地区，继续执行剿匪任务。此时，叛军中的蓝号杨步青在大宁地区遭遇了清军的重创。然而，樊人杰、徐万富与蓝号王士虎、冉天士等叛军则在广元、苍溪一带制造混乱。勒保迅速派遣副都统阿哈保前往支援，并亲自率军赶往南部，与阿哈保合兵一处，成功在