主要叛军头目几乎全部被擒或击毙，其余叛军逃入老林，不再构成大的威胁。而在陕西、湖北的叛军也被额勒登保和德楞泰所歼灭。十二月，勒保与额勒登保、德楞泰联名上书，报告剿匪成功，勒保被晋封为一等伯爵，并继续以“威勤”为号。
六、善后有方
嘉庆八年（1803年），勒保继续在四川执行剿匪任务，致力于搜捕剩余的叛军分子。这一年，他成功擒获了白号苟文富、宋国品、张顺以及青号王青，并成功招降了黄号王国贤。勒保与额勒登保、德楞泰联名上书，报告了这一成就，清廷确认叛乱已被彻底肃清。然而，陕西南山地区仍有残余势力，直到嘉庆九年（1804年）八月，这场叛乱才被完全平息。
嘉庆十年（1805年），勒保入京觐见嘉庆帝。嘉庆帝高度评价了勒保在四川推行的乡民筑寨练团政策，认为这一举措不仅有效阻止了叛军的焚劫行为，而且增强了地方对叛军的抵抗能力。随后，陕西和湖北也效仿四川的做法，大大加速了叛乱的平息过程。因此，嘉庆帝决定奖励勒保，加封他为太子太保，并赐予双眼花翎的荣誉，命令他返回四川继续镇守，并给予当地民众休养生息的机会。此时，勒保还负责解散乡勇，并鼓励他们加入正规军服役。
到了嘉庆十一年（1806年）秋天，陕西宁陕镇的新兵发动了叛乱。勒保派遣总兵唐文淑前往支援剿匪，叛军中的叛将蒲大芳最终绑架了叛乱首领请求投降，德楞泰接受了这一请求。然而，勒保认为叛军士兵的罪行比叛匪更为严重，如果轻易接受投降，则难以树立军纪。他担心这种做法会让其他士兵产生侥幸心理，从而导致军队纪律更加难以控制。勒保的这一观点得到了嘉庆帝的认可，皇帝命令他前往陕西处理善后事宜。不久后，又有消息传来，四川绥定的新兵也发生了叛乱，但最终被桂涵捕获并处决了叛乱首领，其余参与者也依法处置。
嘉庆十三年（1808年），凉山地区的彝族叛军扰乱了马边厅的安全，勒保指挥军队进行了有效的平叛行动。到了嘉庆十四年（1809年），勒保被晋升为武英殿大学士，但仍继续担任四川总督的职务。
七、回京病故
嘉庆十五年（1810年），勒保被召回北京供职。然而，由于他在四川期