在雍正三年（1725），阿克敦的职业生涯迎来了一个新的阶段。这一年，他被任命为《治河方略》的副总裁，负责监督有关黄河治理策略的制定。随后，他于七月被授予左副都御史的职务，这表明他在监察系统中的地位有所提高。到了十二月，阿克敦又被任命为礼部左侍郎，同时保留着兵部侍郎的职位，这显示了他在政府机构中的多重职责。
到了雍正四年（1726），阿克敦的职业生涯进一步扩展。三月份，他被指派为翻译乡试的副考官，继续在教育领域发挥作用。到了四月，他被调任为兵部左侍郎，并兼任国子监祭酒，这一职务让他在教育与军事行政之间架起了桥梁。同年，由于两广总督孔毓珣入京述职，阿克敦被临时任命为两广总督，同时兼任广州将军，这标志着他首次直接负责南方地区的行政与军事管理。
在此期间，阿克敦展现出了他作为一位务实且公正的领导者形象。他上奏弹劾了碣石总兵陈良弼和左翼总兵蓝奉（或称蓝凤），指控他们滥用职权，前者索要渔民的不正当费用，后者则让自己的两个儿子非法担任重要职务。雍正帝对此表示赞赏，并命令阿克敦挑选合适的人选来填补这些空缺。
面对广东地区频繁发生的江堤溃决问题，阿克敦与当时的广东巡抚杨文乾意见相左。杨文乾主张采用更为昂贵的石工和椿埽技术来加固堤坝，而阿克敦则主张继续使用传统的土工方法，并提出应在每年的特定时段由地方政府组织民众进行维护。他认为这样既能保证堤坝的安全，又能节省开支。雍正帝最终采纳了阿克敦的意见，这表明了阿克敦在解决实际问题时所展现出的洞察力和领导能力。
然而，阿克敦的职业生涯并非一帆风顺。他在处理地方事务时的一些决策引发了争议。例如，他被指控未能有效追查盗窃案件，并涉嫌贪污海关税款以及向暹罗船只索要贿赂。这些指控最终导致了他在雍正六年（1728）被罢免官职，并面临审查。
三、出使准噶尔
雍正七年（1729），阿克敦的命运出现了转机。此前因为一些争议而被罢免官职的他，此时被雍正帝特赦，派遣他前往江南河工效力，以期通过实际行动来弥补之前的过失。山东巡抚费金吾请求派遣官员监督徐州、沛县及济宁、嘉祥等地的水道疏浚工