程，雍正帝便决定让阿克敦承担这项重任。这既是对他能力的信任，也是给他一个重新证明自己的机会。
到了雍正九年（1731），阿克敦的职业生涯再次迎来转折。这一年，为了应对准噶尔部落的威胁，雍正帝任命抚远大将军马尔赛率领军队进行讨伐，并授予阿克敦内阁额外学士的头衔，协助处理军务。阿克敦被委以重任，这表明他在军事战略和外交事务方面的能力得到了认可。
雍正十一年（1733），阿克敦被派往克拜达里克，负责监督军粮供应。这一时期，清廷正在积极准备与准噶尔部落的军事冲突，确保前线物资充足是保障战争顺利进行的关键。阿克敦在这项工作中表现出色，为前线部队提供了坚实的后勤支持。
到了雍正十二年（1734），阿克敦被召回京城，并与侍郎傅鼐、副都统罗密一同被派遣出使准噶尔，目的是与噶尔丹策零进行谈判，争取实现和平共处。这次出使任务极为艰巨，因为噶尔丹策零希望将阿尔泰山纳入其游牧范围，而清廷则坚持维持原有的边界划分。经过三天的激烈讨论，双方未能达成一致意见，噶尔丹策零遂派遣使者随阿克敦等人返回京城，继续就边界问题进行商谈。
雍正帝听取了阿克敦等人的汇报，并将相关情况与地图秘密寄给北路副将军策棱，要求他进一步考虑解决方案。策棱建议保持阿尔泰山以北的边界不变，这使得议和暂时陷入僵局。尽管如此，雍正帝还是对阿克敦的工作给予了肯定，并继续任命他担任要职，包括镶蓝旗满洲副都统、工部右侍郎等。
乾隆即位后，阿克敦被任命守护泰陵，这是一个重要的荣誉职位，表明乾隆帝对其忠诚和能力的认可。乾隆二年（1737）闰九月，阿克敦负责管理泰陵的工部事务，继续为皇家陵寝的建设和维护贡献自己的力量。
乾隆三年（1738），阿克敦再次被派遣出使准噶尔，这一次他带领侍卫旺扎尔和台吉额默根，旨在传达朝廷关于边界问题的最新决定。噶尔丹策零的使者哈柳随行，表达了准噶尔部落希望在阿尔泰山以北游牧的愿望，并请求将布延图、托尔和两处卡伦移入内地。乾隆帝明确表示可以接受准噶尔部落在阿尔泰山以北游牧，但对于迁移卡伦的要求则予以拒绝，并命令哈柳带回这一决定。