奏朝廷，提出了治理河道的两种基本方法——堵和疏，并指出在实际操作中，“堵”往往不如“疏”更为有效。他建议朝廷下令禁止地方政府和个人私自开垦增高堤坝的行为，认为应该让河水有其自然的去处，而不是一味地限制其流动。这一建议得到了乾隆帝的认可和支持，皇帝随即下达旨意，严禁私自开垦增高堤坝的行为，以确保河流的自然流向不受干扰。
乾隆三十八年（1773年）三月，裘曰修被任命为《四库全书》馆的总裁，负责这部文化巨着的编纂工作。这是一项艰巨的任务，体现了乾隆帝对裘曰修的高度信任和对其学问的认可。然而，就在这个关键时刻，裘曰修的健康状况开始恶化，他感到身体不适，向朝廷请求允许他返回家乡休养。
乾隆帝得知裘曰修患病的消息后，非常关心他的健康状况。他回忆起之前钱陈群也曾因病请求归乡，并考虑到钱陈群年纪较大，因此批准了他的请求。但裘曰修才刚刚六十岁，正值壮年，乾隆帝希望他能继续为国家服务。于是，乾隆帝赐予裘曰修一首诗以示慰问，并多次派遣使者前去探望。
然而，裘曰修的病情并未得到明显好转，反而日益加重。乾隆帝决定派遣御医前往治疗，并加封他为太子少傅，虽然这一职位是虚衔，但它象征着皇帝对裘曰修的尊敬和对其贡献的肯定。
尽管得到了精心的治疗，裘曰修最终还是未能战胜病魔。在1773年的某个时刻，这位杰出的政治家、学者、治水专家与世长辞，享年六十一岁。乾隆帝对裘曰修的去世表示了深切的哀悼，并追赠他“文达”的谥号。