为四川总督，这标志着他的官职达到了一个新的高度。作为总督，他负责管理四川地区的行政事务，并继续在军事方面发挥重要作用。
然而，更大的考验还在后面。1795年，贵州、湖南地区爆发了大规模的苗民起义。和琳在从西藏凯旋途中得知这一消息后，立即投身于平叛之中。在昂州时，他听说松桃的起义军已经攻打到秀山，便不顾长途跋涉的疲惫，立即指挥部队投入战斗，并取得了初步胜利。随后，他带领参将张志林，协同司马瑜，成功击退了起义军，并击败了敌军将领晏农。在进攻泡木山黄陂的过程中，和琳收复了松桃，因此受到了乾隆帝的嘉奖，获赐双眼花翎。
与此同时，福康安正在解救正大、嗅脑等地的围困，并在大塘汛处攻打起义军首领石柳邓。和琳率兵与福康安会合，共同作战，攻破了义军七十余寨，并因此被封为一等宣勇伯。接着，和琳与观成合作，成功捕获起义军领袖吴半生，乾隆帝再次嘉奖，授予他太子太保衔，并赐予黄腰带。
1796年，正当战事紧张之际，主帅福康安因积劳成疾，在军中病逝。和琳临危受命，暂时接掌军务。乾隆帝得知后，立即下令由和琳督办军务。在新的责任面前，和琳表现出色，迅速生擒了起义军领袖石三保。
四、将星陨落
1796年，对于和琳来说，是一个悲壮的年份。这一年农历八月，正值壮年的和琳在围攻平陇的战役中，因受瘴气感染而不幸染病，最终在战场上溘然长逝，年仅42岁。他的离世不仅让军中士气受到沉重打击，也让整个朝廷为之震动。
乾隆皇帝对和琳的去世感到十分痛惜。和琳在军中的表现一直备受乾隆赞赏，特别是在平定廓尔喀入侵西藏和镇压苗民起义的过程中，他展现了卓越的军事才能和坚定的忠诚。乾隆得知和琳染病身亡的消息后，立刻下达了一系列追赠和表彰的命令。首先，他将和琳晋赠为一等公爵，允许其后代世袭这一荣誉；其次，批准和琳家建立专门的祠堂以供后人祭奠；再者，赐予和琳“忠壮”的谥号，并赐予祭葬的待遇；最后，乾隆还特命将和琳的牌位放置在太庙和贤良祠，由国家定期祭祀，以彰显他对国家的贡献。
这一系列的追赠与表彰，不仅是对和琳生前功绩的认可，更是对他忠诚报