廷上表庆贺，和珅便借机向乾隆帝告状，但这一次乾隆并未予以理会。这表明乾隆虽然退位，但仍对朝政有一定的影响力，而他对朱珪的态度则相对温和。
直到嘉庆四年（1799年），朱珪终于得以奉诏入京。这次入京标志着朱珪政治生涯的一个新阶段。他先是被安排在南书房任职，负责管理户部三库，并被加封为太子少保。嘉庆帝对其极为信任，时常召见朱珪商讨国事，显示出朱珪在朝中的地位日益重要。
同年冬天，朱珪被调任为户部尚书，并成为上 书 房 的总师傅。这意味着他不仅在财政管理方面有着重要的职责，同时还负责教育皇族子弟，进一步巩固了他在嘉庆帝心中的地位。
随后几年间，朱珪的官职不断上升。嘉庆五年（1800年），他兼任吏部尚书；嘉庆七年（1802年），晋升为协办大学士；嘉庆八年（1803年），兼任翰林院掌院院士，并担任日讲起居注官；嘉庆九年（1804年），获封为太子太傅。这些职务的变化，反映了朱珪在行政管理、文化教育等方面的重要作用。
到了嘉庆十年（1805年），朱珪官至体仁阁大学士，并管理工部事务。同时，他还被任命为实录馆、国史馆、会典馆的正总裁以及己未科、乙丑科会试的总裁官。
三、晚年
嘉庆十一年（1806年），朱珪在一次于乾清宫接受召对的过程中，突然感到身体不适，出现了眩晕的症状，不得不被侍从搀扶回家。这预示着他健康状况的恶化。不久之后，即同年十二月五日，朱珪因病去世，享年七十六岁。
嘉庆帝在得知朱珪逝世的消息后，深感悲痛。第二天，他亲自前往朱珪家中进行祭奠，并为之痛哭流涕，表达了对这位老臣深切的哀悼之情。作为对朱珪一生功绩的肯定，嘉庆帝赐予了陀罗经被，这是一种极高的荣誉，象征着对逝者的极高评价。
为了表达对朱珪的尊重，嘉庆帝还命令庆郡王永璘率领十名侍卫一同前往朱珪家中进行祭奠，并且额外赐予了两千五百两的内帑银，用于办理丧事。这不仅是对朱珪家族的一种慰藉，也是对其生前贡献的肯定。
此外，嘉庆帝还追赠朱珪为太傅，并特赐谥号“文正”。这一谥号是中国古代给予士大夫最高的荣誉之一